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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eib | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Circular Permuted CBM21 (CP90) Gives Insight into the Altered Selectivity on Carbohydrate Binding. | ||||||
![]() | Glucoamylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA BARREL / Starch Binding / Amylose | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan 1,4-alpha-glucosidase / polysaccharide metabolic process / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / fungal-type vacuole / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stephen, P. / Cheng, K.C. / Lyu, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of circular permuted RoCBM21 (CP90): dimerisation and proximity of binding sites 著者: Stephen, P. / Cheng, K.C. / Lyu, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2v8lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 12063.118 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 115-131, 26-114 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CIRCULAR PERMUTED GLUCOAMYLASE OF RESIDUES 115-131 AND RESIDUES 26-114. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 127分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
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![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NH4 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | HIS19 AND MET20 WERE USED IN THE CIRCULAR PERMUTATIO |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.1M acetate pH 4.5, 0.2M NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月14日 詳細: Vertically Focusing Mirror, Horizontally Focusing Single Crystal Si(111) Bent Monochromator |
放射 | モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8285→66.94 Å / Num. obs: 14988 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 49.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Mean I/σ(I) obs: 13.69 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2V8L 解像度: 1.86→24.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.254 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.865 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→24.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20
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