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- PDB-4eia: Activator of the 2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase from Clostri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eia
タイトルActivator of the 2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase from Clostridium difficile without nucleotide
要素Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
キーワードELECTRON TRANSPORT / actin fold / ATPase / electron transfer / ATP/ADP binding / 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine metabolic process / 加水分解酵素 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CoA enzyme activase / ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase activator
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Knauer, S.H. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: On the ATP-Dependent Activation of the Radical Enzyme (R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase.
著者: Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0072
ポリマ－29,6561
非ポリマー3521
水00
1
A: Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子

A: Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0154
ポリマ－59,3122
非ポリマー7032
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+1,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.136, 113.136, 56.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase


分子量: 29655.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: hadI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5U925
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23 mg/mL protein in 50 mM MOPS, pH 7.2, 120 mM sodium chloride, 1.4 mM ADP, 9 mM magnesium chloride, 1 mM D-desthiobiotin, 6 mM DTT, 1.4 mM sodium dithionite, 100 mM sodium fluoride, 10 mM ...詳細: 23 mg/mL protein in 50 mM MOPS, pH 7.2, 120 mM sodium chloride, 1.4 mM ADP, 9 mM magnesium chloride, 1 mM D-desthiobiotin, 6 mM DTT, 1.4 mM sodium dithionite, 100 mM sodium fluoride, 10 mM aluminum trifluoride, reservoir: 8% w/v PEG8000, 25% v/v MPD, 0.35 M sodium chloride, pH 8.5 (drop: 1 uL + 1 uL), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 7197 / Num. obs: 7197 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 21.32
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EHT

4eht


解像度: 3→19.672 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 360 5 %
Rwork0.1717 --
obs0.1751 7195 99.76 %
all-7197 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.682 Å2 / ksol: 0.265 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1371 Å2-0 Å20 Å2
2---8.1371 Å2-0 Å2
3---16.2743 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 4 0 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1382635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.116728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.43240.32761190.24142258X-RAY DIFFRACTION100
3.4324-4.31690.25921190.16862266X-RAY DIFFRACTION100
4.3169-19.6720.20021220.15212311X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58010.72940.88224.8772.42382.83240.1383-0.18940.1752-0.0941-0.2115-0.6146-0.0652-0.36590.04370.16550.0237-0.14360.18870.05890.2103-11.20119.100625.8285
20.916-0.1811-0.27256.0056-1.31852.14780.178-0.0718-0.0014-0.9351-0.3171-1.76450.18010.50560.15550.33370.04060.11930.4199-0.07740.74748.84943.15520.4612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:91 or resseq 242:258)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 92:241)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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