[日本語] English
万見
- PDB-4ei5: Crystal Structure of XV19 TCR in complex with CD1d-sulfatide C24:1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ei5
タイトルCrystal Structure of XV19 TCR in complex with CD1d-sulfatide C24:1
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
  • Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
  • Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / sulfatide / lipid / CD1d / NKT typeII / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation / positive thymic T cell selection / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / early endosome / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CIS / CITRATE ANION / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Patel, O. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Recognition of CD1d-sulfatide mediated by a type II natural killer T cell antigen receptor.
著者: Patel, O. / Pellicci, D.G. / Gras, S. / Sandoval-Romero, M.L. / Uldrich, A.P. / Mallevaey, T. / Clarke, A.J. / Le Nours, J. / Theodossis, A. / Cardell, S.L. / Gapin, L. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,82117
ポリマ－195,2258
非ポリマー4,5969
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0869
ポリマ－97,6124
非ポリマー2,4745
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7358
ポリマ－97,6124
非ポリマー2,1224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.739, 140.711, 160.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / CD1d


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pFasBacpHp10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pFasBacpHp10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 23209.518 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 28080.617 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
糖 , 4種, 6分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#9: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#10: 化合物 ChemComp-CIS / (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE / (2S,3R,4E)-N-NERVONIC-1-[BETA-D-(3-SULFATE)-GALACTOPYRANOSYL]-2-AMINO-OCTADECENE-3-OL / CIS-TETRACOSENOYL SULFATIDE / 1-O-(3-O-スルホ-β-D-ガラクトピラノシル)-N-[(15Z)-1-オキソ-15-テトラコセニル]スフィンゴ(以下略)


分子量: 890.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H91NO11S

-
詳細

配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT D201H IN CHAINS A AND E IS CORRECT AS PER BRADBURY ET AL, 1988 (PMID 2460336) ...THE AUTHORS STATE THAT D201H IN CHAINS A AND E IS CORRECT AS PER BRADBURY ET AL, 1988 (PMID 2460336). IN CHAINS B AND F, D85A IS A NATURAL VARIANT. CHAINS C AND G ARE CHIMERAS COMPRISING THE MOUSE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-116) AND HUMAN CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 117-207). CHAINS D AND H ARE CHIMERAS COMPRISING THE MOUSE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-114) AND HUMAN CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 115-244).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M citrate/Bis-Tris-propane, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→140 Å / Num. all: 42432 / Num. obs: 42432 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 90.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.107 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 6151 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.12データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2AKR AND 4EI6

2akr

4ei6


解像度: 3.1→105.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.383 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 2152 5.08 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1988 42390 98.56 %-
原子変位パラメータBiso max: 222.1 Å2 / Biso mean: 100.8742 Å2 / Biso min: 31.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6184 Å20 Å20 Å2
2--19.9022 Å20 Å2
3----13.2839 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.666 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→105.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12928 0 275 0 13203
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4516SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes347HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1937HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13610HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1744SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14200SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13610HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18515HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.6
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2945 182 5.82 %
Rwork0.2492 2946 -
all0.2519 3128 -
obs--98.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2578-0.33-0.05033.10992.50053.0213-0.0097-0.17750.0182-0.00330.2282-0.12660.15320.3527-0.2185-0.32210.00050.1324-0.11050.0033-0.024342.4762-31.71636.5051
23.3575-1.2257-1.06583.59433.21252.5981-0.1119-0.3658-0.03820.1262-0.09690.10070.1175-0.07040.2088-0.1992-0.0340.14710.0026-0.0430.005231.1088-24.982717.7092
30.74530.2444-0.04073.96722.06271.8543-0.03690.5378-0.2298-0.54140.2368-0.3477-0.2787-0.0941-0.1999-0.275-0.03560.0460.1628-0.25790.004347.9568-70.2849-39.4515
42.0845-0.27490.335.11162.41451.98410.18340.33320.0478-1.0885-0.06730.1675-0.3504-0.4275-0.1161-0.1799-0.0675-0.14450.00460.0129-0.274528.364-67.2973-41.3584
51.69220.80740.09915.88992.92582.1904-0.22050.1756-0.2419-0.97150.1227-0.1466-0.36160.07940.09780.0552-0.11680.0261-0.32610.095-0.010317.7688-36.2791-71.8249
63.3871.66931.11720.04430.2643.8603-0.01510.2583-0.0215-0.326-0.27070.2582-0.1961-0.50240.28580.152-0.0092-0.2393-0.3253-0.05670.16193.3169-45.6554-79.0545
71.73781.931-0.01844.74170.49913.88020.247-0.4629-0.20230.5251-0.3017-0.1526-0.36670.26590.0548-0.2625-0.0302-0.0469-0.03860.1941-0.10435.02886.2914-41.9677
81.18750.1165-0.2453.19431.09773.16610.1026-0.52630.06060.7308-0.08440.6021-0.5335-0.5198-0.0181-0.00460.05230.2834-0.08550.0435-0.128816.66555.3341-30.575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A7 - 1
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E7 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G2 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 237

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る