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万見
- PDB-4ehz: The Jak1 kinase domain in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ehz
タイトルThe Jak1 kinase domain in complex with inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase JAK1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway ...protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-2 signaling / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / IFNG signaling activates MAPKs / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Interleukin-7 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JAK / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.174 Å
データ登録者Lupardus, P.J. / Steffek, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery and optimization of C-2 methyl imidazopyrrolopyridines as potent and orally bioavailable JAK1 inhibitors with selectivity over JAK2.
著者: Zak, M. / Mendonca, R. / Balazs, M. / Barrett, K. / Bergeron, P. / Blair, W.S. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Devoss, J. / Dragovich, P.S. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / Gradl, ...著者: Zak, M. / Mendonca, R. / Balazs, M. / Barrett, K. / Bergeron, P. / Blair, W.S. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Devoss, J. / Dragovich, P.S. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / Gradl, S. / Hamman, C. / Hanan, E.J. / Harstad, E. / Hewitt, P.R. / Hurley, C.A. / Jin, T. / Johnson, A. / Johnson, T. / Kenny, J.R. / Koehler, M.F. / Bir Kohli, P. / Kulagowski, J.J. / Labadie, S. / Liao, J. / Liimatta, M. / Lin, Z. / Lupardus, P.J. / Maxey, R.J. / Murray, J.M. / Pulk, R. / Rodriguez, M. / Savage, S. / Shia, S. / Steffek, M. / Ubhayakar, S. / Ultsch, M. / van Abbema, A. / Ward, S.I. / Xiao, L. / Xiao, Y.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
C: Tyrosine-protein kinase JAK1
D: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,75220
ポリマ－138,9864
非ポリマー1,76616
水10,106561
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3127
ポリマ－34,7471
非ポリマー5666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0643
ポリマ－34,7471
非ポリマー3172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2506
ポリマ－34,7471
非ポリマー5045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1264
ポリマ－34,7471
非ポリマー3793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.712, 172.175, 88.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34746.594 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain, UNP residues 854-1154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-JAK / 2-methyl-1-(piperidin-4-yl)-1,6-dihydroimidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridine


分子量: 255.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H17N5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES pH 5-6 and 25-35% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 63591 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_648)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.174→30 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 3033 5.03 %Random
Rwork0.1712 ---
obs0.1741 60351 90.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.234 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3668 Å20 Å20.6913 Å2
2--1.5727 Å2-0 Å2
3---0.794 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.174→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9239 0 124 561 9924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08512905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8393641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.174-2.20780.24211070.18962115X-RAY DIFFRACTION73
2.2078-2.2440.30731110.19472301X-RAY DIFFRACTION79
2.244-2.28270.30661030.20512327X-RAY DIFFRACTION81
2.2827-2.32410.2981290.20322336X-RAY DIFFRACTION82
2.3241-2.36880.28411300.20422450X-RAY DIFFRACTION84
2.3688-2.41720.27131200.2012382X-RAY DIFFRACTION85
2.4172-2.46970.28391400.19722499X-RAY DIFFRACTION87
2.4697-2.52710.27811320.18992541X-RAY DIFFRACTION88
2.5271-2.59030.28221490.18712519X-RAY DIFFRACTION90
2.5903-2.66030.22531340.17182654X-RAY DIFFRACTION91
2.6603-2.73850.23911370.17182600X-RAY DIFFRACTION92
2.7385-2.82680.24241630.17182680X-RAY DIFFRACTION93
2.8268-2.92780.23661320.17372695X-RAY DIFFRACTION95
2.9278-3.04490.2091340.17212734X-RAY DIFFRACTION94
3.0449-3.18330.23041260.18272726X-RAY DIFFRACTION96
3.1833-3.3510.24021690.1872764X-RAY DIFFRACTION96
3.351-3.56060.25371560.17092831X-RAY DIFFRACTION97
3.5606-3.8350.22041540.1552792X-RAY DIFFRACTION98
3.835-4.220.17541500.13872824X-RAY DIFFRACTION98
4.22-4.82850.16931520.13342851X-RAY DIFFRACTION99
4.8285-6.07510.22631480.17842854X-RAY DIFFRACTION99
6.0751-300.18391570.17042843X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0059-0.0024-0.00550.0068-0.00770.0221-0.0045-0.00530.0134-0.00550.01340.01140.0052-0.0184-0.00620.0352-0.0054-0.01580.076-0.01170.0718-20.839867.5665-6.3064
20.0992-0.03230.06180.0446-0.02560.0613-0.02120.013-0.03080.00120.03840.0224-0.0133-0.0274-0.00290.0673-0.00490.00220.0739-0.00230.06731.629558.92664.5368
30.03770.00540.01320.003-0.00350.0235-0.0002-0.0224-0.05810.03880.0316-0.024-0.00950.0105-0.01020.0620.02-0.00840.00480.00570.045114.493347.150418.3944
40.21360.0245-0.06580.1429-0.04890.0312-0.0125-0.0639-0.0003-0.04930.0127-0.0170.03340.02590.00590.08150.0059-0.00080.0712-0.00460.057519.10532.92444.1403
50.010.003-0.00150.00380.00290.01090.0375-0.01460.05430.01940.01620.0278-0.03720.0033-0.01420.06770.01490.0733-0.0162-0.05640.00245.70614.862818.2903
60.0128-0.01840.00560.0252-0.0110.05190.01520.0055-0.0143-0.00620.03260.02250.008-0.0257-0.02650.0547-0.0052-0.00780.08870.01060.07664.948756.3765-38.6066
70.1191-0.02630.02410.03970.00290.11950.0389-0.0199-0.069-0.00340.0311-0.00330.00670.0057-0.03340.08470.0037-0.01680.0506-0.00340.081218.885745.8962-24.9843
80.1528-0.0629-0.04150.0647-0.00380.1657-0.05340.03550.050.00310.0275-0.03930.0265-0.01320.01420.0666-0.0065-0.00770.0759-0.01380.077220.60761.6007-39.7158
90.03210.0003-0.0040.00220.00660.006-0.0168-0.02330.06380.01940.0278-0.00030.00070.0049-0.0007-0.00750.09340.0151-0.0992-0.11210.01127.564413.6259-25.5267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 858:871)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 872:1033)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 1036:1154)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 865:1033)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1036:1154)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 866:1041)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 1042:1154)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resseq 865:1033)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resseq 1036:1154)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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