ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | 2.3.0位相決定 | | PHENIX | 1.7_650精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | SERGUI | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4EHX 解像度: 2.199→28.401 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2132 | 1999 | 8.13 % |
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Rwork | 0.1779 | - | - |
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obs | 0.1808 | 24602 | 91.73 % |
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all | - | 26285 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.768 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 170.39 Å2 / Biso mean: 65.3908 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.2843 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 11.4845 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.2002 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.199→28.401 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2520 | 0 | 47 | 67 | 2634 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 2626 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.157 | 3535 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.073 | 380 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 438 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.299 | 1010 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.199-2.2539 | 0.2865 | 102 | 0.2497 | 1156 | 1258 | 66 | 2.2539-2.3148 | 0.3029 | 122 | 0.2285 | 1373 | 1495 | 79 | 2.3148-2.3829 | 0.2484 | 132 | 0.2108 | 1494 | 1626 | 86 | 2.3829-2.4598 | 0.2718 | 136 | 0.1994 | 1536 | 1672 | 89 | 2.4598-2.5476 | 0.2488 | 140 | 0.1872 | 1587 | 1727 | 91 | 2.5476-2.6496 | 0.2577 | 143 | 0.1917 | 1612 | 1755 | 93 | 2.6496-2.7701 | 0.2485 | 145 | 0.1856 | 1646 | 1791 | 95 | 2.7701-2.916 | 0.2369 | 151 | 0.1905 | 1692 | 1843 | 96 | 2.916-3.0984 | 0.253 | 148 | 0.1908 | 1680 | 1828 | 97 | 3.0984-3.3373 | 0.2393 | 153 | 0.1762 | 1735 | 1888 | 98 | 3.3373-3.6726 | 0.2087 | 155 | 0.1706 | 1746 | 1901 | 99 | 3.6726-4.2025 | 0.2084 | 154 | 0.1576 | 1751 | 1905 | 99 | 4.2025-5.2891 | 0.1706 | 158 | 0.1533 | 1774 | 1932 | 99 | 5.2891-28.4037 | 0.1987 | 160 | 0.1943 | 1821 | 1981 | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9625 | -0.3065 | 0.0129 | 0.7483 | -0.1358 | 0.0278 | 0.0788 | 0.3813 | 0.1578 | -0.1065 | -0.2338 | 0.4033 | -0.6326 | 0.0923 | -0.3031 | 0.6546 | 0.0305 | -0.0867 | 0.2947 | 0.1227 | 0.3899 | 4.5462 | 1.6629 | -21.6509 | 2 | 1.8003 | -0.0568 | -0.3686 | 1.396 | 0.6837 | 4.8101 | 0.1438 | -0.5056 | -0.1423 | 0.0315 | 0.0724 | -0.2035 | 0.1467 | 1.1367 | -0.0815 | 0.3483 | 0.055 | -0.0397 | 0.5306 | 0.0196 | 0.406 | 16.2098 | -12.4775 | -10.0093 | 3 | 1.6606 | -0.3099 | 0.9497 | 1.6208 | -0.5515 | 3.8272 | 0.0085 | -0.2385 | 0.0825 | -0.0257 | 0.0863 | 0.357 | -0.235 | -0.7171 | -0.0794 | 0.2715 | 0.0337 | 0.0073 | 0.3592 | 0.0302 | 0.442 | 0.3911 | -6.1478 | -5.8146 | 4 | 2.0315 | 0.4438 | 0.9826 | 1.7307 | -0.1609 | 5.0108 | -0.0226 | -0.567 | 0.0148 | 0.2643 | 0.1714 | 0.1946 | -0.2141 | -0.1783 | -0.0631 | 0.2797 | -0.0011 | 0.0475 | 0.3994 | 0.003 | 0.3467 | 7.288 | -6.8552 | 5.7498 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 8:50)A8 - 50 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 51:130)A51 - 130 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 131:228)A131 - 228 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 229:315)A229 - 315 | | | | | | | | |
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