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- PDB-4eh1: Crystal Structure of the Flavohem-like-FAD/NAD Binding Domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eh1
タイトルCrystal Structure of the Flavohem-like-FAD/NAD Binding Domain of Nitric Oxide Dioxygenase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor
要素Flavohemoprotein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-alpha sandwich / beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide dioxygenase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / intracellular iron ion homeostasis ...nitric oxide dioxygenase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain ...Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavohemoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, Y. / Gu, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Flavohem-like-FAD/NAD Binding Domain of Nitric Oxide Dioxygenase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor
著者: Kim, Y. / Gu, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavohemoprotein
B: Flavohemoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,38416
ポリマ－53,9832
非ポリマー2,40114
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Flavohemoprotein
ヘテロ分子

B: Flavohemoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,38416
ポリマ－53,9832
非ポリマー2,40114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-x+y,-z+1/31
Buried area6240 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.329, 93.329, 112.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavohemoprotein / Flavohemoglobin / Hemoglobin-like protein / Nitric oxide dioxygenase / NO oxygenase / NOD


分子量: 26991.371 Da / 分子数: 2 / 断片: FAD_NAD(P)H binding domain, UNP residues 152-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: hmp, VC_A0183 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KMY3, nitric oxide dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BisTris ph 6.5, 2.0 M ammonium sulphate, chymotrypsin (1:200), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 29636 / Num. obs: 29636 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1458 / Rsym value: 0.786 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_921)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40.413 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1483 5.07 %random
Rwork0.165 ---
all0.168 29265 --
obs0.168 29265 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.82 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.326 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.326 Å20 Å2
3----6.6521 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3721 0 151 212 4084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4655693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8071518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012734
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2002-2.27120.30621240.218425042628100
2.2712-2.35240.24081480.200824692617100
2.3524-2.44660.2451260.190825162642100
2.4466-2.55790.25621450.182924892634100
2.5579-2.69270.27671270.188124922619100
2.6927-2.86140.24871310.177624992630100
2.8614-3.08220.20711390.160925162655100
3.0822-3.39230.20161340.150325262660100
3.3923-3.88280.23471330.137225472680100
3.8828-4.89060.16031480.135525542702100
4.8906-40.41940.22711280.18892670279899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9481-0.6390.83543.4008-1.77241.9422-0.0995-0.2738-0.1550.5926-0.0940.25860.53120.00920.15310.48050.01230.14970.29410.00020.343827.12213.206933.8392
24.1437-0.47030.9022.1482-0.14444.0793-0.1152-0.3676-0.39150.69810.14560.4344-0.134-0.0642-0.0520.33250.01150.06460.1528-0.00230.275633.480615.810734.8431
32.1433-0.37620.59289.68570.58956.8595-0.12340.2591-0.1098-0.519-0.22071.50480.9182-0.3350.19460.4330.03360.02110.2221-0.0490.466631.04896.164923.4659
42.5710.04084.20234.49341.07778.5987-0.23750.07480.06140.0318-0.04880.2459-0.16180.24790.20260.1989-0.00260.04540.18070.03550.261333.382617.596726.9052
53.8413-1.9498-0.47082.41941.16720.6042-0.260.0198-0.3917-0.12850.08460.24830.3827-0.26570.11410.3586-0.08740.02650.19560.0020.289425.599512.301625.5863
62.21110.3618-0.28972.2559-0.81351.75590.0042-0.16950.0050.12260.0679-0.04820.24290.0829-0.05230.22610.0071-0.00550.1988-0.00950.165945.193225.544533.7945
73.77150.0251.65442.9449-0.93148.0333-0.25060.34480.6247-0.13510.2055-0.0049-1.17110.06950.07410.3188-0.05110.00160.24890.04340.310245.622736.475723.6125
84.57311.09711.34534.46770.46365.4609-0.1802-0.01760.2982-0.11770.1165-0.1656-0.00950.39440.00230.23780.01220.03520.2772-0.05850.259456.379827.943927.1905
94.69971.3364-0.01466.065-0.68148.3127-0.08180.457-0.3375-0.17960.2038-0.19270.62840.1438-0.1250.2780.03470.01590.2773-0.05750.211356.127820.21223.6285
103.76212.27910.54852.20844.49734.98510.0203-0.1408-0.0132-0.0422-0.1187-0.17050.32060.05620.0770.2193-0.0031-0.01840.1870.06480.242422.458934.274329.6862
114.3656-0.2873-2.89863.4852-1.55886.64330.2321-0.09210.3105-0.0027-0.0247-0.2704-0.16250.2636-0.1950.16060.0315-0.02320.1814-0.02270.226816.995941.51427.7455
125.6304-0.9081-1.28696.6597-0.21797.74590.03921.2055-0.4045-1.15930.1602-0.51370.6951-0.6175-0.29190.3725-0.10110.04910.4384-0.08120.344617.59931.067918.1658
132.9534-1.7367-0.74861.2620.3992.16310.0844-0.01840.2727-0.06040.0911-0.30860.02050.1499-0.13840.2045-0.02440.00430.23290.03140.280824.804737.262121.9815
141.99760.1371-0.66974.08920.54392.6843-0.09630.177-0.37560.246-0.01890.05990.3743-0.47830.09630.2313-0.07910.00620.2639-0.02310.24514.766127.149333.3431
150.8772-0.6424-1.60821.07531.82334.198-0.410.3966-1.25060.0120.06980.65231.0383-1.42280.29970.5633-0.54410.17660.7428-0.28350.7167-0.557115.754227.1605
165.38031.58510.89841.75970.00751.1302-0.44951.0081-0.0236-0.24110.14060.21180.3665-1.59740.23350.3723-0.2438-0.0281.0129-0.11250.3651-5.878328.767322.3643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:14)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 15:39)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 40:59)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 60:84)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 85:103)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 104:170)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 171:188)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 189:210)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 211:238)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 3:26)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 27:68)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 69:84)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 85:103)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 104:170)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 171:203)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 204:239)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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