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- PDB-4egz: Crystal Structure of AraR(DBD) in complex with operator ORR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egz
タイトルCrystal Structure of AraR(DBD) in complex with operator ORR3
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*T)-3'
  • Arabinose metabolism transcriptional repressor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Winged-Helix-turn-helix / transcription factor / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arabinose metabolism transcriptional repressor, ligand-binding domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Periplasmic binding protein-like I / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arabinose metabolism transcriptional repressor, ligand-binding domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Periplasmic binding protein-like I / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Arabinose metabolism transcriptional repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jain, D. / Nair, D.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Spacing between core recognition motifs determines relative orientation of AraR monomers on bipartite operators.
著者: Jain, D. / Nair, D.T.
履歴
登録2012年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinose metabolism transcriptional repressor
B: Arabinose metabolism transcriptional repressor
T: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*T)-3'
U: 5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0389
ポリマ－32,7434
非ポリマー2955
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.160, 46.160, 171.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Arabinose metabolism transcriptional repressor


分子量: 9931.353 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminus domain, UNP RESIDUES 1-68 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: araC, araR, BSU33970, yvbS / プラスミド: pDJN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: P96711
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 6402.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*T)-3'


分子量: 6478.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M sodium acetate, 200mM KCl, 25% PEG 8000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40.629 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 757 4.98 %
Rwork0.2198 --
obs0.2224 15195 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.56 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.827 Å20 Å2-0 Å2
2--6.827 Å20 Å2
3----13.654 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1281 855 20 145 2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2083254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.838900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.47770.41551430.32542692X-RAY DIFFRACTION90
2.4777-2.7270.37491420.28612906X-RAY DIFFRACTION96
2.727-3.12150.29851600.25722964X-RAY DIFFRACTION98
3.1215-3.93220.2661690.19912949X-RAY DIFFRACTION99
3.9322-40.63540.23121430.19782927X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.5273 Å / Origin y: -2.6075 Å / Origin z: -20.3348 Å
111213212223313233
T0.321 Å2-0.0368 Å2-0.0435 Å2-0.3216 Å2-0.0425 Å2--0.2936 Å2
L1.084 °20.1408 °21.0832 °2-0.87 °20.9999 °2--2.1138 °2
S-0.0895 Å °-0.0836 Å °-0.0597 Å °-0.1636 Å °-0.0803 Å °-0.0556 Å °-0.2661 Å °-0.2521 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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