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- PDB-4egv: Crystal structure of a monomeric SCP2-thiolase like protein type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egv
タイトルCrystal structure of a monomeric SCP2-thiolase like protein type 1 (STLP1) from Mycobacterium smegmatis
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / new sub-family / Thiolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #840 / Thiolase-like protein type 1, additional C-terminal domain / Thiolase-like protein type 1 additional C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Janardan, N. / Harijan, R.K. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Monomeric Thiolase-Like Protein Type 1 (TLP1) from Mycobacterium smegmatis.
著者: Janardan, N. / Harijan, R.K. / Wierenga, R.K. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2012年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns_shell / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low ..._reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
E: Acetyl-CoA acetyltransferase
F: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,1946
ポリマ－337,1946
非ポリマー00
水2,882160
1
A: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1991
ポリマ－56,1991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.308, 102.004, 102.423
Angle α, β, γ (deg.)116.46, 101.28, 97.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALAA2 - 50715 - 520
2MSEMSEBB1 - 50714 - 520
3MSEMSECC1 - 50714 - 520
4MSEMSEDD1 - 50714 - 520
5MSEMSEEE1 - 50714 - 520
6VALVALFF2 - 50715 - 520

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量: 56198.949 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_5521 / プラスミド: pRSETC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R3M0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, 10% isopropanol, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月26日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 83286 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID
2.6-2.642.80.32.31
2.64-2.73.70.42.51
2.7-2.752.80.44.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.71→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 14.268 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.111 / ESU R Free: 0.361
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26107 4398 5 %RANDOM
Rwork0.23354 ---
obs0.23492 83286 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.02 Å20.03 Å2
2--0.02 Å20.03 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20012 0 0 160 20172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02220783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.96628238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55952733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.29624.122871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.239153245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.79315145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.23244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7671.513637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48221732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98637146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4584.56498
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3221 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.090.05
Btight positional0.070.05
Ctight positional0.070.05
Dtight positional0.080.05
Etight positional0.090.05
Ftight positional0.080.05
Atight thermal0.130.5
Btight thermal0.120.5
Ctight thermal0.130.5
Dtight thermal0.130.5
Etight thermal0.120.5
Ftight thermal0.130.5
LS精密化 シェル解像度: 2.706→2.776 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 279 -
Rwork0.396 5355 -
obs--84.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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