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万見
- PDB-4egt: Crystal structure of major capsid protein P domain from rabbit he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egt
タイトルCrystal structure of major capsid protein P domain from rabbit hemorrhagic disease virus
要素Major capsid protein VP60
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding ...viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Viral genome-linked protein / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...: / Viral genome-linked protein / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP60 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, X. / Xu, F. / Zhang, K. / Zhai, Y. / Sun, F.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Atomic model of rabbit hemorrhagic disease virus by cryo-electron microscopy and crystallography.
著者: Xue Wang / Fengting Xu / Jiasen Liu / Bingquan Gao / Yanxin Liu / Yujia Zhai / Jun Ma / Kai Zhang / Timothy S Baker / Klaus Schulten / Dong Zheng / Hai Pang / Fei Sun /
要旨: Rabbit hemorrhagic disease, first described in China in 1984, causes hemorrhagic necrosis of the liver. Its etiological agent, rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV), belongs to the Lagovirus genus ...Rabbit hemorrhagic disease, first described in China in 1984, causes hemorrhagic necrosis of the liver. Its etiological agent, rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV), belongs to the Lagovirus genus in the family Caliciviridae. The detailed molecular structure of any lagovirus capsid has yet to be determined. Here, we report a cryo-electron microscopic (cryoEM) reconstruction of wild-type RHDV at 6.5 Å resolution and the crystal structures of the shell (S) and protruding (P) domains of its major capsid protein, VP60, each at 2.0 Å resolution. From these data we built a complete atomic model of the RHDV capsid. VP60 has a conserved S domain and a specific P2 sub-domain that differs from those found in other caliciviruses. As seen in the shell portion of the RHDV cryoEM map, which was resolved to ~5.5 Å, the N-terminal arm domain of VP60 folds back onto its cognate S domain. Sequence alignments of VP60 from six groups of RHDV isolates revealed seven regions of high variation that could be mapped onto the surface of the P2 sub-domain and suggested three putative pockets might be responsible for binding to histo-blood group antigens. A flexible loop in one of these regions was shown to interact with rabbit tissue cells and contains an important epitope for anti-RHDV antibody production. Our study provides a reliable, pseudo-atomic model of a Lagovirus and suggests a new candidate for an efficient vaccine that can be used to protect rabbits from RHDV infection.
履歴
登録2012年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein VP60
B: Major capsid protein VP60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1362
ポリマ－74,1362
非ポリマー00
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.930, 88.144, 135.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major capsid protein VP60


分子量: 37067.852 Da / 分子数: 2 / 断片: P (protruding) domain (UNP residues 228-579) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
遺伝子: VP60 / プラスミド: pFastEL-3G
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q3HNQ1, UniProt: Q3HNQ2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT G263R AND G539E ARE NATURAL SEQUENCE VARIATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.1 M succinic acid, 1.0% PEG2000 MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 36207 / Num. obs: 35882 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Num. unique all: 1727 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GH8

2gh8


解像度: 2→36.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23154 1789 5 %RANDOM
Rwork0.19916 ---
all0.20073 36207 --
obs0.20073 33925 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4870 0 0 192 5062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.9376872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9645650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44724.158202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30715652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4771522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0223936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3621.53261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32725270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44131746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3384.51602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 126 -
Rwork0.229 2397 -
obs--97.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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