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- PDB-4efv: Crystal structure of OIF from Llama seminal plasma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efv
タイトルCrystal structure of OIF from Llama seminal plasma
要素Ovulation-inducing factor (OIF)
キーワードSIGNALING PROTEIN / HORMONE / mature OIF / beta nerve growth factor / x-ray sequencing / cysteine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ovulation-inducing factor (OIF)
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Leduc, Y.A. / Ratto, M.H. / Valderrama, X.P. / Delbaere, T.J. / Pierson, R.A. / Adams, G.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The nerve of ovulation-inducing factor in semen.
著者: Ratto, M.H. / Leduc, Y.A. / Valderrama, X.P. / van Straaten, K.E. / Delbaere, L.T. / Pierson, R.A. / Adams, G.P.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ovulation-inducing factor (OIF)
B: Ovulation-inducing factor (OIF)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3335
ポリマ－26,1082
非ポリマー2253
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.930, 108.930, 49.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARGchain 'A' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...AA10 - 5910 - 59
12GLYGLYGLYGLYchain 'A' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...AA67 - 9467 - 94
13GLNGLNLYSLYSchain 'A' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...AA96 - 11596 - 115
21GLYGLYARGARGchain 'B' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...BB10 - 5910 - 59
22GLYGLYGLYGLYchain 'B' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...BB67 - 9467 - 94
23GLNGLNLYSLYSchain 'B' and (resseq 10:59 or resseq 67:94 or resseq...BB96 - 11596 - 115

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.655195, -0.398284, 0.641942), (-0.4173, -0.899139, -0.131945), (0.629747, -0.181433, -0.755315)
ベクター: 0.413592, 26.2202, 16.007)

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要素

#1: タンパク質 Ovulation-inducing factor (OIF)


分子量: 13053.931 Da / 分子数: 2 / 断片: mature OIF / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seminal plasma / 由来: (天然) Lama glama (ラマ) / 参照: UniProt: J9PBR9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7.3
詳細: 0.1M Tris-HCL pH 7.3, 0.7M LiSO4, 10% methanol, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→38.5 Å / Num. obs: 12822 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 49.502 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 24.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.32-2.380.7073.037328961100
2.38-2.450.6213.546905908100
2.45-2.520.5214.26620870100
2.52-2.590.3626.096664876100
2.59-2.680.2897.476340831100
2.68-2.770.2169.916261821100
2.77-2.880.1712.215930779100
2.88-30.12416.045984780100
3-3.130.08721.715389710100
3.13-3.280.06826.445282692100
3.28-3.460.04934.44997660100
3.46-3.670.04439.584889646100
3.67-3.920.03944.454275571100
3.92-4.240.03251.734173558100
4.24-4.640.02957.633777504100
4.64-5.190.02957.673414465100
5.19-5.990.02955.313026413100
5.99-7.340.02854.52571355100
7.34-10.380.02659.81891268100
10.380.02559.1896015495.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Bet

1bet


解像度: 2.32→34.834 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8178 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 641 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.2053 12820 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.011 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.79 Å2 / Biso mean: 48.4467 Å2 / Biso min: 22.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5768 Å2-0 Å20 Å2
2---4.5768 Å20 Å2
3---9.1535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→34.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 11 70 1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1762262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.281590
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.241
12B767X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.32-2.49920.32431280.254724222550
2.4992-2.75060.28291260.239523902516
2.7506-3.14830.28111280.226124372565
3.1483-3.96570.25011280.206824342562
3.9657-34.83810.20741310.174324962627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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