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- PDB-4efj: Crystal structure of I-GzeII LAGLIDADG homing endonuclease in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efj
タイトルCrystal structure of I-GzeII LAGLIDADG homing endonuclease in complex with DNA target site
要素
  • DNA target site bottom strand
  • DNA target site top strand
  • LAGLIDADG endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA-cutting enzyme / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LAGLIDADG endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kulshina, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of I-GzeMII LAGLIDADG homing endonuclease in complex with DNA target site
著者: Kulshina, N.
履歴
登録2012年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA target site top strand
D: DNA target site bottom strand
E: DNA target site top strand
F: DNA target site bottom strand
A: LAGLIDADG endonuclease
B: LAGLIDADG endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,90110
ポリマ－102,7416
非ポリマー1604
水52229
1
C: DNA target site top strand
D: DNA target site bottom strand
B: LAGLIDADG endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4515
ポリマ－51,3713
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
2
E: DNA target site top strand
F: DNA target site bottom strand
A: LAGLIDADG endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4515
ポリマ－51,3713
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.827, 61.178, 128.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA target site top strand


分子量: 8445.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA target site bottom strand


分子量: 8147.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 LAGLIDADG endonuclease / I-GzeMII


分子量: 34777.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
遺伝子: nad2, small subunit ribosomal RNA gene / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: A5J036*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG6000, 3 mM calcium chloride, 75 mM sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 21582 / Num. obs: 21301 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 87.1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 1952 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QQY

3qqy


解像度: 2.8→38.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27769 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.18277 ---
obs0.18756 19780 94.95 %-
all-21582 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4643 2170 4 29 6846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0177183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.72810157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.334310571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3355580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76324.587218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.49115843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7651516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 61 -
Rwork0.218 1087 -
obs--75.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37140.070.93060.5259-0.13077.668-0.0661-0.0052-0.05-0.0113-0.0333-0.1182-0.17390.24640.09930.02940.01720.0260.05070.03310.0525-18.82132.776-16.557
20.1734-0.10540.05110.2833-0.32224.9148-0.0703-0.025-0.06840.02070.0103-0.0188-0.36130.59010.05990.0964-0.04340.00990.1160.0240.062-18.25233.622-15.707
30.9429-0.05710.81931.0706-0.9323.36770.063-0.15250.04280.03090.18710.1076-0.197-0.337-0.25010.03120.00260.02910.07550.00840.0376-15.9150.374-40.986
40.3895-0.02891.45831.0242-0.81896.7818-0.0115-0.07070.00680.06730.15670.1227-0.289-0.3138-0.14520.05540.0140.02390.11780.04130.0867-16.7491.34-41.938
50.69840.2410.54330.42270.42052.0221-0.00330.0061-0.03580.00380.0309-0.0465-0.0536-0.0155-0.02760.0069-0.00780.00830.0273-0.00770.089-7.84-2.235-45.551
60.4715-0.26590.35380.4875-0.82262.6314-0.08150.0176-0.0460.02780.02650.05470.08710.03940.0550.02640.00180.01930.02730.03170.0632-26.66927.89-12.83
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5A6 - 296
6X-RAY DIFFRACTION6B6 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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