PDB-4eee: Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eee

タイトル

Crystal Structure of YLDV 14L IL-18 Binding Protein in Complex with Human IL-18

要素

14L protein
Interleukin-18

キーワード

CYTOKINE/Viral protein / Interleukin-18 Binding Protein / beta trefoil / Immunoglobulin fold / Yaba / YLDV / Cytokine Signaling / CYTOKINE-Viral protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / neutrophil activation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / neutrophil activation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / Interleukin-1 processing / negative regulation of myoblast differentiation / type 2 immune response / sleep / natural killer cell activation / positive regulation of NK T cell proliferation / triglyceride homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / natural killer cell mediated cytotoxicity / T-helper 1 type immune response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yaba-like disease virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Krumm, B.E. / Xiang, Y. / Deng, J.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: A unique bivalent binding and inhibition mechanism by the yatapoxvirus interleukin 18 binding protein.
著者: Krumm, B. / Meng, X. / Wang, Z. / Xiang, Y. / Deng, J.

履歴

登録	2012年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4eee.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eee_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eee_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4eee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4eee	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6hr2-1 2gv5-1 4ndk-d 5mh2-d 5d62-1 6wfo-d 4pzu-1 4xhd-2 1xqh-d 4u1d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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抗体 (Antibodies)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
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レグマイン (Legumain)
類似性 (3)
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アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
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アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 14L protein

B: Interleukin-18

C: 14L protein

D: Interleukin-18

63.9 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.380, 41.771, 104.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 21:130 )
2	1	1	chain C and (resseq 21:130 )
1	1	2	chain B and (resseq 1:32 )
2	1	2	chain D and (resseq 1:32 )
1	1	3	Chain B and (resseq 45:66 )
2	1	3	Chain D and (resseq 45:66 )
1	1	4	Chain B and (resseq 72:128 )
2	1	4	Chain D and (resseq 72:128 )
1	1	5	Chain B and (resseq 136:154 )
2	1	5	Chain D and (resseq 136:154 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: 抗体	14L protein 分子量: 13997.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yaba-like disease virus (ウイルス) 遺伝子: 14L / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami 2 / 参照: UniProt: Q9DHU8
#2: タンパク質	Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma 分子量: 17959.145 Da / 分子数: 2 / Mutation: C38S, K67A, C68S, E69A, K70A, I71A, C76S, C127S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGIF, IL-18, IL18, IL1F4 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14116
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE/CITRIC ACID PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18254 / Num. obs: 18239 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 10.7 / Observed criterion σ(I): 10.6 / R_sym value: 0.122
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.678 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F62

3f62

解像度: 2.71→37.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 1.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	3461	10.01 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.224	18239	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.7 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6012 Å²	0 Å²	-3.9271 Å²
2-	-	12.3146 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.7134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→37.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4218	0	0	22	4240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	5798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.464	1662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	741

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	913	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	913	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
2	1	B	266	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	266	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
3	1	B	170	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	170	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.101
4	1	B	459	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	D	459	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
5	1	B	138	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	D	138	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.7421	0.4473	128	0.3746	1157	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7421-2.7812	0.4592	136	0.3686	1241	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7812-2.8227	0.3947	136	0.3564	1256	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8227-2.8668	0.4551	127	0.3449	1182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8668-2.9138	0.3881	143	0.3319	1276	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9138-2.964	0.4018	139	0.3156	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.0179	0.3213	137	0.3007	1230	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0179-3.0759	0.2842	135	0.2804	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0759-3.1387	0.3295	141	0.28	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1387-3.2069	0.3484	144	0.2578	1293	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2069-3.2815	0.3222	135	0.2407	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2815-3.3635	0.3085	139	0.2317	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3635-3.4543	0.2922	140	0.2193	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4543-3.5559	0.2568	142	0.2334	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5559-3.6706	0.2764	142	0.2038	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6706-3.8017	0.255	142	0.2234	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8017-3.9537	0.298	135	0.2106	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9537-4.1334	0.2446	139	0.1842	1267	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1334-4.3511	0.219	143	0.162	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3511-4.6232	0.191	142	0.1448	1250	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6232-4.9794	0.1925	138	0.1448	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9794-5.4791	0.2111	140	0.1676	1269	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4791-6.2687	0.2485	136	0.2227	1244	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2687-7.8855	0.2612	142	0.2158	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8855-37.265	0.2266	140	0.2134	1236	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7548	-1.1784	-2.2479	0.8639	2.0757	5.2857	0.5391	1.6862	0.3983	-0.0609	0.1356	-0.0311	-2.0395	1.6976	0.5786	0.6918	0.0609	-0.0222	0.8895	0.3401	0.4968	47.1839	26.2761	58.4942
2	8.1416	1.7949	3.7483	2.7026	1.3032	4.8069	0.0918	0.1016	-0.4825	-0.5784	-0.1342	0.2281	-0.1115	-0.6344	-0.0468	0.469	-0.0121	-0.0358	0.3115	-0.0063	0.3657	54.4053	16.7864	74.5885
3	4.9492	-3.4464	-1.2067	2.7286	-0.524	5.7801	-0.0564	-0.8405	0.001	0.355	0.6058	-0.2262	0.7783	1.0468	-0.0659	0.7497	-0.0633	-0.2783	0.5199	0.1987	0.4582	55.7681	14.1385	87.8315
4	6.2387	-2.9821	5.4784	9.3875	-4.5664	6.5138	0.355	1.5191	0.5142	-0.3887	0.4786	-0.1371	-0.1863	1.2721	-0.1074	0.2257	0.004	0.0666	0.535	0.094	0.3311	49.9462	21.3843	74.4403
5	0.1204	0.2051	0.1008	3.2623	1.3816	4.5695	-0.6925	0.4432	-0.1574	-0.93	-0.026	-0.823	-0.4205	1.061	-0.2807	0.8219	0.1375	0.5208	-0.1964	0.7285	0.5826	41.604	28.968	61.3103
6	3.7785	-0.6797	0.5833	8.166	-3.2672	4.2693	-0.3809	-0.2521	0.2157	0.4306	1.1572	1.7035	0.223	0.3879	-0.6699	0.3208	0.1359	-0.0216	0.4992	0.0392	0.511	38.7182	17.1969	72.7953
7	8.7329	0.6295	-1.7677	7.6835	-3.6232	1.9609	-0.4122	-0.6876	-0.5633	1.1999	0.3124	-1.003	-1.1078	-0.5013	-0.2257	0.4133	0.0155	0.0009	0.3277	0.0604	0.4213	35.4295	12.6137	83.9203
8	8.0463	3.0657	-1.3837	3.2407	-2.8201	3.2648	0.2219	-0.7384	0.761	0.6098	-0.0042	0.5098	-0.6012	0.4729	-0.0692	0.637	0.132	-0.0608	0.5769	-0.046	0.4341	42.3728	22.3266	82.5981
9	6.3849	-0.6389	3.067	2.5999	-2.934	4.2248	0.3631	-0.2482	1.6709	-0.3024	0.7103	-0.256	-1.4461	2.0342	-0.5936	0.7442	-0.2436	0.0198	0.7163	0.0585	0.8079	46.3339	33.653	65.8444
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52	6.9409	2.2957	1.2897	9.4195	3.194	5.8349	-0.0404	0.7039	0.575	-0.7673	0.7027	-0.1203	-0.5285	1.1485	-0.1619	0.5083	-0.0287	0.0454	0.5323	0.0058	0.4005	82.9795	37.7954	90.7336
53	7.2368	-0.4764	-0.8354	6.921	1.156	5.7592	0.4145	0.5606	0.6932	-1.2106	1.114	0.4548	-0.7727	1.4328	-1.2462	0.7454	-0.3149	0.1207	1.217	0.1348	0.5859	91.173	42.1649	92.1112
54	6.4418	0.5833	2.3239	8.8538	1.3125	1.9771	0.3465	1.0509	1.6385	-0.4819	-0.3314	-0.7432	-0.3423	0.1669	0.2574	0.3398	0.0663	0.0571	0.6862	0.2254	0.6119	83.4758	36.5354	80.2023
55	4.1086	1.3733	-3.1002	3.1882	-1.2634	8.0339	0.0831	-0.8026	0.4829	0.2073	0.1343	-0.3229	1.1614	1.3001	-0.0985	0.521	-0.0267	-0.0486	0.448	-0.0609	0.4008	80.4979	28.8594	96.8694
56	4.3964	-0.3225	-3.3156	7.7567	3.4778	9.235	0.2811	0.7242	0.6785	0.619	0.5861	-1.0182	-0.2812	1.7845	-1.1589	0.6321	-0.0573	-0.1247	0.6957	0.0084	0.6071	89.3794	31.0423	99.0462
57	0.0094	0.2035	-0.134	5.1055	-3.2551	2.0822	1.3715	-0.5657	-0.1819	1.1075	0.4665	-0.7424	-0.738	0.3383	-0.9726	0.8212	-0.2296	-0.1805	0.9202	-0.1261	0.7274	93.1618	43.8217	112.8201
58	2.1762	0.0475	-0.5048	7.2388	-5.8789	4.8764	0.7722	-0.0006	0.3089	-0.024	-0.0063	0.3119	0.2987	-0.1046	-1.4364	0.4064	-0.0823	-0.059	0.9318	0.0516	0.6252	91.2318	36.2221	103.5154
59	3.8064	-3.5282	-0.237	5.848	2.9424	2.938	-0.8093	-0.2015	0.8098	0.914	-0.5984	0.2917	0.125	0.0692	1.7092	1.4864	0.0862	-0.2005	0.8049	-0.0511	0.9259	90.3416	23.2277	103.8228
60	9.3967	-5.0813	1.1575	3.7082	0.6365	4.5347	1.327	-0.7785	0.0131	1.3682	-0.5897	-1.1186	0.3447	0.2478	0.3313	0.7053	-0.3249	-0.2546	0.6625	0.0319	0.8417	83.2232	29.7327	107.9256
61	4.8523	-5.2376	3.3213	5.6527	-3.5193	2.6725	0.567	-0.3001	-0.2592	-0.1317	0.3537	-0.2319	-0.6277	0.7626	-0.0477	0.5282	-0.2998	0.1411	1.1405	-0.1309	0.5914	70.6966	39.2039	101.2481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 21:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:39)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 40:46)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 47:50)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 51:63)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 64:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 71:82)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 83:90)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 91:100)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 101:106)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 107:112)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 113:121)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 122:129)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 130:134)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 1:11)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 12:20)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 21:26)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 27:41)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 42:50)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 51:57)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 58:77)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 78:84)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 85:94)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 95:114)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 115:129)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 130:134)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 135:139)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 140:145)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 146:155)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 19:24)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 25:39)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 40:49)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 50:54)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 55:58)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 59:64)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 65:70)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 71:76)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 77:82)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 83:88)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 89:98)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 99:103)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 104:108)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 109:119)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 120:126)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 127:132)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 1:6)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 7:12)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 13:24)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 25:32)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 45:55)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 56:77)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 78:87)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 88:94)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 95:114)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain D and resid 115:129)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain D and resid 130:134)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain D and resid 135:139)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain D and resid 140:144)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain D and resid 145:151)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain D and resid 152:156)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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