PDB-4edy: Crystal structure of hH-PGDS with water displacing inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edy

タイトル

Crystal structure of hH-PGDS with water displacing inhibitor

要素

Hematopoietic prostaglandin D synthase

キーワード

Isomerase/Isomerase inhibitor / Inhibitor / Solvent replacement / Isomerase-Isomerase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Day, J.E. / Thorarensen, A. / Trujillo, J.I. / Kiefer, J.R.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Investigation of the binding pocket of human hematopoietic prostaglandin (PG) D2 synthase (hH-PGDS): a tale of two waters.
著者: Trujillo, J.I. / Kiefer, J.R. / Huang, W. / Day, J.E. / Moon, J. / Jerome, G.M. / Bono, C.P. / Kornmeier, C.M. / Williams, M.L. / Kuhn, C. / Rennie, G.R. / Wynn, T.A. / Carron, C.P. / Thorarensen, A.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edy.cif.gz	207.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edy.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4edy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4edy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4edy_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4edy_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ec0C 4edzC 4ee0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ais-2 5aiv-1 6w8h-d 5ywx-1 2vcx-1 2vcx-2 2vcq-1 3kxo-d 5yx1-2 3vi7-1 3ee2-d 2cvd-1 5yx1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hematopoietic prostaglandin D synthase

B: Hematopoietic prostaglandin D synthase

ヘテロ分子

47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.685, 78.099, 52.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase 分子量: 23377.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTS, HPGDS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase

#1: タンパク質

Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...

分子量: 23377.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTS, HPGDS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase

-
非ポリマー , 5種, 689分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 化合物	ChemComp-9PQ / 4-[2-(hydroxymethyl)naphthalen-1-yl]-N-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]benzamide 分子量: 390.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

-
データ収集

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: OSMIC MIRRORS

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→20 Å / Num. obs: 40679 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 18.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.72-1.78	3.7	0.67	1	90.2
1.78-1.85	3.8	0.61	1	97.4
1.85-1.94	3.8	0.54	1	97.5
1.94-2.04	3.8	0.48	1	98.1
2.04-2.17	3.8	0.43	1	98.5
2.17-2.33	3.8	0.39	1	98.4
2.33-2.57	3.9	0.35	1	98.8
2.57-2.94	3.8	0.33	1	98.9
2.94-3.7	3.8	0.28	1	99.4
3.7-20	3.7	0.23	1	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→19.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.937 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20437	2007	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17456	-	-	-
obs	0.17602	38626	97.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.051 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	-0.28 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3263	0	74	684	4021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.828	1.972	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.774	3	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.407	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.522	24.217	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.268	15	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.781	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.221	1.5	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.033	1.5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.435	2	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.692	3	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.132	4.5	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.722→1.766 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	144	-
R_work	0.185	2596	-
obs	-	-	89.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5334	-0.2135	0.3917	1.8404	0.0394	1.9881	0.0013	-0.0183	0.049	0.0236	0.0109	-0.0967	-0.0117	0.0831	-0.0123	0.0369	-0.0082	0.0113	0.0276	-0.0253	0.0302	11.5918	0.7952	20.9921
2	2.5665	-0.6904	0.6759	1.5665	-0.07	1.3618	0.0275	0.1561	0.0168	-0.0982	-0.0432	-0.0043	0.011	0.0475	0.0156	0.0227	-0.0069	0.0108	0.0147	-0.005	0.0074	9.5106	-19.0428	6.829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3001 - 3314
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 670

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