PDB-4edu: The MBT repeats of human SCML2 in a complex with histone H2A peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edu

タイトル

The MBT repeats of human SCML2 in a complex with histone H2A peptide

要素

Histone H2A.J peptide
Sex comb on midleg-like protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / MBT fold / Royal family / Histone PTM binding / Methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

PcG protein complex / anatomical structure morphogenesis / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening ...PcG protein complex / anatomical structure morphogenesis / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / cellular response to gamma radiation / NoRC negatively regulates rRNA expression / cerebral cortex development / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / cellular senescence / nucleosome / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / spermatogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / extracellular exosome / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Nady, N. / Amaya, M.F. / Tempel, W. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Histone recognition by human malignant brain tumor domains.
著者: Nady, N. / Krichevsky, L. / Zhong, N. / Duan, S. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edu.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edu.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4edu_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4edu_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	4edu_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	4edu_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oi1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lfv-2 3pss-d 1l2f-d 6wvg-1 4p29-d 5jgp-1 3l09-1 5vkm-d 4xjy-d 1wio-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (3) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (6) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (25) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (3) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (3)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (6)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (25)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (3)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sex comb on midleg-like protein 2

T: Histone H2A.J peptide

26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sex comb on midleg-like protein 2

T: Histone H2A.J peptide

A: Sex comb on midleg-like protein 2

T: Histone H2A.J peptide

ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.949, 69.949, 169.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Sex comb on midleg-like protein 2 分子量: 24132.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-46 / 変異: K147E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCML2 / プラスミド: pET28MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C+ / 参照: UniProt: Q9UQR0
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H2A.J peptide / H2a/j 分子量: 1857.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTM1
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.6 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 9.5 詳細: 1.6M NH4PO4, 0.1M Tris/HCl, 1:5 molar ratio of protein:peptide, protein concentration 35 mg/ml, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.58→43.97 Å / Num. obs: 15321 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.71 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 15.5034

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) all	Num. measured all	Num. unique all	R_rim(I) all	% possible all
2.58-2.72	7.92	0.98	0.77	15670	1978	1.05	99.95
2.72-2.88	7.98	0.58	1.31	15018	1881	0.62	99.89
2.88-3.08	7.96	0.34	2.22	14119	1774	0.37	100
3.08-3.33	7.91	0.2	3.77	13393	1694	0.22	100
3.33-3.65	7.79	0.12	6.21	11886	1526	0.13	100
3.65-4.08	7.63	0.08	9.48	10719	1405	0.08	99.96
4.08-4.71	7.63	0.06	12.92	9686	1269	0.06	100
4.71-5.77	7.43	0.05	13.18	8010	1078	0.06	100
5.77-8.16	7.07	0.04	16.09	6147	870	0.05	100
8.16-43.97	6.31	0.03	23.69	3348	531	0.03	98.95

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OI1

1oi1

解像度: 2.58→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.099 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	692	4.962 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.206	13947	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.099 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.099 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1703	0	0	47	1750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.965	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.606	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.749	23.974	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.628	15	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.504	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.58-2.647	0.391	39	0.377	820	0.378	859	100	0.342
2.647-2.719	0.402	36	0.299	810	0.303	847	99.882	0.266
2.719-2.797	0.302	48	0.283	773	0.283	823	99.757	0.242
2.797-2.883	0.287	43	0.258	741	0.259	784	100	0.211
2.883-2.977	0.29	48	0.226	711	0.23	759	100	0.188
2.977-3.081	0.272	34	0.242	708	0.244	742	100	0.211
3.081-3.197	0.282	34	0.228	691	0.231	725	100	0.193
3.197-3.326	0.233	39	0.216	643	0.217	682	100	0.186
3.326-3.473	0.275	33	0.216	610	0.22	643	100	0.186
3.473-3.641	0.231	26	0.197	601	0.199	627	100	0.176
3.641-3.836	0.253	27	0.193	560	0.195	587	100	0.17
3.836-4.067	0.244	28	0.17	524	0.174	553	99.819	0.145
4.067-4.344	0.247	21	0.155	499	0.159	520	100	0.139
4.344-4.688	0.197	26	0.144	444	0.146	470	100	0.127
4.688-5.128	0.181	22	0.162	411	0.163	433	100	0.147
5.128-5.722	0.254	18	0.177	369	0.18	387	100	0.153
5.722-6.584	0.203	14	0.187	321	0.188	335	100	0.167
6.584-8.01	0.221	12	0.193	258	0.194	270	100	0.173
8.01-11.107	0.15	17	0.18	188	0.178	205	100	0.173
11.107-40	0.32	7	0.308	85	0.309	96	95.833	0.295

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.8501 Å / Origin y: 6.2552 Å / Origin z: 57.4101 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0929 Å²	-0.0517 Å²	-0.027 Å²	-	0.0364 Å²	0.0119 Å²	-	-	0.0258 Å²
L	0.3124 °²	0.0079 °²	0.2348 °²	-	1.8032 °²	2.4481 °²	-	-	5.4488 °²
S	0.0249 Å °	-0.0284 Å °	0.0327 Å °	-0.0077 Å °	-0.0411 Å °	-0.0205 Å °	-0.0844 Å °	0.0787 Å °	0.0161 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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