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万見
- PDB-4edg: The structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4edg
タイトルThe structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain bound to ATP and Manganese
要素DNA primase
キーワードTRANSFERASE / Catalytic Domain / nucleoside triphosphate / nucleoside polyphosphate / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA primase DnaG, catalytic core, helical bundle / DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / Pheromone ER-1 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG ...: / DNA primase DnaG, catalytic core, helical bundle / DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / Pheromone ER-1 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / BENZAMIDINE / : / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Chu, C. / Corn, J.E. / Wang, J.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Binding Mechanism of Metal-NTP Substrates and Stringent-Response Alarmones to Bacterial DnaG-Type Primases.
著者: Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Tehranchi, A.K. / Chu, C. / Corn, J.E. / Keck, J.L. / Wang, J.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5907
ポリマ－37,6781
非ポリマー9126
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.261, 151.261, 38.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 37677.508 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 111-436 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: dnaG / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon+
参照: UniProt: O05338, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.15M sodium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris, 13% PEG3350, 2% Benzamidine, 2.5 mM ATP, 5 mM MnCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.003→130.996 Å / Num. all: 34568 / Num. obs: 34499 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.115.30.2872.82602949150.28798.8
2.11-2.245.50.1784.42606047480.178100
2.24-2.395.50.126.52461244570.12100
2.39-2.595.50.0819.52297641620.081100
2.59-2.835.50.0612.52082438140.06100
2.83-3.175.50.04316.81909834740.043100
3.17-3.665.40.03319.91678830810.03399.9
3.66-4.485.30.03120.11398526280.03199.9
4.48-6.335.20.02722.31075020540.02799.9
6.33-43.6655.10.02325597111660.02398.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHENIXAutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4E2K

4e2k


解像度: 2.003→43.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1969 1705 4.94 %copied from 4E2K
Rwork0.1615 ---
obs0.1633 34480 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.329 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.77 Å2 / Biso mean: 34.795 Å2 / Biso min: 14.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6171 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.6171 Å20 Å2
3----5.2342 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→43.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2578 0 52 350 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0623757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8091052
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0029-2.06180.26581180.21142665278398
2.0618-2.12830.21051390.180127052844100
2.1283-2.20440.22531350.172327092844100
2.2044-2.29270.22071510.162627252876100
2.2927-2.3970.20181510.159627112862100
2.397-2.52340.20661450.161626872832100
2.5234-2.68140.19411320.167227342866100
2.6814-2.88840.20831670.162427152882100
2.8884-3.1790.21251370.17127572894100
3.179-3.63890.2051520.168327232875100
3.6389-4.58380.16811300.140927872917100
4.5838-43.67560.17521480.15612857300599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1963-0.4759-0.35130.9999-0.29812.38650.01870.0499-0.0124-0.00410.00210.03540.1956-0.06380.01340.24560.1331-0.01350.1576-0.01570.108225.7354-63.2181-7.8824
21.2436-0.6434-0.34933.05220.22520.5082-0.0427-0.10010.15160.0479-0.0044-0.00610.07130.08-0.01430.19250.1049-0.03680.1737-0.06290.17716.0761-42.9051.6297
30.18240.03-0.01230.1167-0.08490.09780.06090.35060.2671-0.51070.0641-0.2729-0.47260.4190.00010.54270.03230.1010.3457-0.04680.416922.2235-32.3238-11.2401
41.87980.15670.20621.4876-0.5520.82250.0177-0.18960.24870.10320.03330.1156-0.0177-0.0569-0.00060.1950.0386-0.01020.1594-0.04870.3283-0.6938-25.27723.7241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 108:233)A108 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 234:343)A234 - 343
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 344:362)A344 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 363:428)A363 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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