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- PDB-4edg: The structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain bound t... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4edg | ||||||
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Title | The structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain bound to ATP and Manganese | ||||||
![]() | DNA primase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Catalytic Domain / nucleoside triphosphate / nucleoside polyphosphate / protein-ligand complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Chu, C. / Corn, J.E. / Wang, J.D. / Berger, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Binding Mechanism of Metal-NTP Substrates and Stringent-Response Alarmones to Bacterial DnaG-Type Primases. Authors: Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Tehranchi, A.K. / Chu, C. / Corn, J.E. / Keck, J.L. / Wang, J.D. / Berger, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 158.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4e2kSC ![]() 4edkC ![]() 4edrC ![]() 4edtC ![]() 4edvC ![]() 4ee1C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | monomer |
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Components
#1: Protein | Mass: 37677.508 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 111-436 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O05338, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ATP / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.15M sodium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris, 13% PEG3350, 2% Benzamidine, 2.5 mM ATP, 5 mM MnCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double flat crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.003→130.996 Å / Num. all: 34568 / Num. obs: 34499 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 4E2K Resolution: 2.003→43.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.329 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.77 Å2 / Biso mean: 34.795 Å2 / Biso min: 14.16 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.003→43.665 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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