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万見
- PDB-4edb: Structures of monomeric hemagglutinin and its complex with an Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4edb
タイトルStructures of monomeric hemagglutinin and its complex with an Fab fragment of a neutralizing antibody that binds to H1 subtype influenza viruses: molecular basis of infectivity of 2009 pandemic H1N1 influenza A viruses
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza virus / haemagglutinin / conformation / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, K.H. / Cho, K.J. / Lee, J.H. / Park, Y.H. / Khan, T.G. / Lee, J.Y. / Kang, S.H. / Alam, I.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2013
タイトル: Insight into structural diversity of influenza virus haemagglutinin
著者: Cho, K.J. / Lee, J.H. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Park, Y. / Lee, J.Y. / Kang, S. / Kim, S. / Yang, J.H. / Kim, E.K. / Seok, J.H. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Saelens, X. / Kim, C.J. / Lee, J.Y. ...著者: Cho, K.J. / Lee, J.H. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Park, Y. / Lee, J.Y. / Kang, S. / Kim, S. / Yang, J.H. / Kim, E.K. / Seok, J.H. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Saelens, X. / Kim, C.J. / Lee, J.Y. / Kang, C. / Oh, H.B. / Chung, M.S. / Kim, K.H.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,5106
ポリマ－172,5106
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32010 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area58260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.115, 217.115, 266.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36680.176 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 SUBUNIT, UNP residues 18-343 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Thailand/CU44/2006 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7LI25
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20823.184 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 SUBUNIT, UNP residues 344-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Thailand/CU44/2006 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7LI25
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl, 20% PEG 3350, 200mM calcium acetate, 8% 1,3-butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.249
11-2/3H-1/3K+2/3L, -1/3H-2/3K-2/3L, 2/3H-2/3K+1/20.25
11-1/3H+1/3K-2/3L, -K, -4/3H-2/3K+1/3L30.247
11-H, 1/3H-1/3K+2/3L, 2/3H+4/3K+1/3L40.254
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 83089 / Num. obs: 83089 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→44.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.002 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2743 4113 5 %RANDOM
Rwork0.2393 ---
obs0.241 83087 99.76 %-
all-83089 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.95 Å2 / Biso mean: 47.9836 Å2 / Biso min: 12.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.18 Å20 Å20 Å2
2--3.18 Å20 Å2
3----6.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11433 0 0 16 11449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.93915922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85551443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.54625.079573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.382151954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9411545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219063
LS精密化 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 234 -
Rwork0.233 5740 -
all-5974 -
obs--97.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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