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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ed1 | ||||||
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タイトル | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: AT crystal at pH 7.0 (Na+ MES) with 1 Ca2+ ion | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, T. / Zhao, Y. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond 著者: Nakamura, T. / Zhao, Y. / Yamagata, Y. / Hua, Y.J. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ecqC ![]() 4ecrC ![]() 4ecsC ![]() 4ectC ![]() 4ecuC ![]() 4ecvC ![]() 4ecwC ![]() 4ecxC ![]() 4ecyC ![]() 4eczC ![]() 4ed0C ![]() 4ed2C ![]() 4ed3C ![]() 4ed6C ![]() 4ed7C ![]() 4ed8C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic core (UNP RESIDUES 1-432) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP
#2: DNA鎖 | 分子量: 3637.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 5種, 393分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-DTP / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | GLU A 116 HAS THE FOLLOWING ALTERNATE CONFIGURATION. ALTERNATE A HAS GLU 116 (OCCUPANCY 0.30), ...GLU A 116 HAS THE FOLLOWING ALTERNATE CONFIGURAT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 6-17%(W/V) PEG 2K-MME, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40987 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 19.37 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.679 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.55 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.7 Å2 / Biso mean: 27.3364 Å2 / Biso min: 8.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.806→24.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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