PDB-4ecl: Crystal structure of the cytoplasmic domain of vancomycin resista...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ecl

タイトル

Crystal structure of the cytoplasmic domain of vancomycin resistance serine racemase VanTg

要素

Serine racemase

キーワード

ISOMERASE / antibiotic resistance / vancomycin resistance / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / alpha/beta barrel / TIM barrel / Type III Pyridoxal 5-phosphate (PLP)-Dependent Enzyme / Acyltransferase family / L-serine racemase / D-serine racemase / L-serine / D-serine / PLP / pyridoxal 5-phosphate / cytoplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / pyridoxal phosphate binding / response to antibiotic / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.017 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Cosme, J. / Di Leo, R. / Krishnamoorthy, M. / Meziane-Cherif, D. / Courvalin, P. ...

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Adaptation of Vancomycin Resistance VanT Serine Racemases.
著者: Meziane-Cherif, D. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Courvalin, P.

履歴

登録	2012年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4ecl.ent.gz	490.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ecl_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ecl_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	4ecl_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	4ecl_validation.cif.gz	85.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5irp-d 6q70-d 1l6f-d 6q72-1 4lus-1 3w7u-1 1niu-d 1sft-d 3s46-d 2dy3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91046

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine racemase

B: Serine racemase

C: Serine racemase

D: Serine racemase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine racemase

B: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine racemase

D: Serine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.682, 82.341, 117.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Serine racemase / VanTG 分子量: 41685.879 Da / 分子数: 4 / 断片: cytoplasmic domain (UNP residues 339-712) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: BM4518 / 遺伝子: vanTG / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WRY3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 5K MME, cryoprotectant: paratone oil, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月31日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.017→20 Å / Num. all: 98585 / Num. obs: 97205 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 16.83
反射シェル	解像度: 2.017→2.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / R_sym value: 0.547 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.017→19.915 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1871	2.06 %
R_work	0.1813	-	-
obs	0.1824	97095	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.456 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.1641 Å²	0 Å²	4.9458 Å²
2-	-	29.2864 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.1223 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.017→19.915 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11506	0	28	693	12227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11798
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	15958
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.295	4436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.017-2.0417	0.3732	130	0.3312	5853	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0417-2.0675	0.4555	117	0.2939	6527	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0675-2.0947	0.3068	149	0.2786	6509	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0947-2.1234	0.3385	147	0.2633	6684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1234-2.1537	0.3978	136	0.2715	6673	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1537-2.1858	0.3079	110	0.2366	6674	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1858-2.2199	0.267	172	0.2325	6611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2199-2.2562	0.2967	121	0.2229	6688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2562-2.2951	0.2637	137	0.22	6632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2951-2.3368	0.2844	141	0.2128	6773	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3368-2.3816	0.3482	128	0.2137	6673	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3816-2.4302	0.2978	150	0.2109	6644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4302-2.4829	0.2889	150	0.2069	6690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4829-2.5406	0.2675	122	0.1946	6720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5406-2.604	0.2714	152	0.1832	6696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.604-2.6742	0.2303	140	0.1841	6623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6742-2.7527	0.2467	146	0.1745	6748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7527-2.8413	0.2417	148	0.1911	6729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8413-2.9426	0.2451	144	0.1888	6726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9426-3.06	0.2504	113	0.1901	6764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.1987	0.2033	140	0.1823	6713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1987-3.3666	0.2485	152	0.1589	6674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3666-3.5764	0.1706	142	0.1527	6834	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5764-3.8507	0.1666	142	0.1312	6650	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8507-4.2348	0.2235	150	0.1319	6752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2348-4.8399	0.1409	148	0.125	6793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8399-6.069	0.1625	148	0.151	6766	X-RAY DIFFRACTION	100
6.069-19.9159	0.1884	140	0.164	6742	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5594	0.1342	-0.1444	0.7013	-0.0352	1.5309	-0.0125	0.2204	-0.0427	-0.0537	-0.0075	-0.011	0.035	-0.0316	0.014	0.1514	-0.0062	-0.0142	0.1525	-0.023	0.1758	27.0179	-1.1943	26.4044
2	1.1514	-0.2281	-0.1882	0.9095	0.0777	2.0639	0.0232	-0.2763	0.066	0.0361	-0.092	0.0334	-0.2677	-0.0973	0.0498	0.2013	-0.0113	-0.0194	0.3092	-0.0229	0.1934	25.479	11.3875	58.5949
3	0.9168	-0.0665	0.2146	0.4058	0.0421	1.2586	-0.0344	-0.0908	0.0358	0.047	0.0331	-0.0045	-0.0552	-0.0173	-0.0022	0.1671	-0.004	-0.0125	0.3933	-0.0034	0.1687	44.8106	1.7351	68.3945
4	0.9354	0.238	-0.2605	0.4073	0.2462	1.6818	0.0387	-0.1365	0.1282	0.0328	-0.0619	-0.0075	-0.1604	0.1933	0.0305	0.2069	-0.0425	0.0064	0.3403	0.0019	0.2151	46.6162	9.364	34.625
5	1.6376	-0.3498	-0.2815	0.3668	0.0118	1.7306	-0.0316	-0.3651	0.0593	-0.002	0.0473	-0.022	0.1501	-0.146	-0.0149	0.1754	0.0082	0.0185	0.1705	0.0002	0.1652	90.607	-36.494	-9.494
6	1.1795	0.0852	0.3281	0.2579	-0.2686	2.0021	0.0041	0.0174	-0.119	0.0515	0.0095	-0.0792	0.1196	-0.1102	0.0138	0.1817	-0.011	-0.0032	0.1174	0.0106	0.1852	92.105	-43.445	24.133
7	0.9386	0.1854	-0.0065	0.4001	0.0519	1.2322	0.01	-0.1149	-0.0801	0.0352	-0.0105	-0.0295	-0.0578	-0.1346	-0.0107	0.1983	-0.0169	0.0256	0.0163	0.0055	0.2091	72.2184	-33.4018	32.3778
8	1.0621	0.1052	-0.0921	0.971	0.0358	1.6308	-0.1453	0.322	-0.1646	-0.0238	0.0688	0.004	0.2323	-0.2668	0.0846	0.2124	-0.0742	0.0245	0.212	-0.0539	0.2255	71.3335	-46.409	0.8317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 2:244
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 245:373
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resi 2:244
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 245:373
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resi 2:244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resi 245:373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and resi 2:244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and resi 245:373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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