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万見
- PDB-4ece: Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase (W16Y, W94Y,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ece
タイトルCrystal structure of purine nucleoside phosphorylase (W16Y, W94Y, W178Y, H257W) mutant from human complexed with guanine
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / PNP / guanine / Purine nucleoside phosphorylase / nucleoside binding / purine base binding / purine-nucleoside phosphorylase activity / drug binding / transferring glycosyl groups / phosphate ion binding / intracellular / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / guanosine phosphorylase activity / nucleoside binding / Purine salvage / Purine catabolism / allantoin metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Haapalainen, A.M. / Ho, M.C. / Suarez, J.J. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Catalytic Site Conformations in Human PNP by (19)F-NMR and Crystallography.
著者: Suarez, J. / Haapalainen, A.M. / Cahill, S.M. / Ho, M.C. / Yan, F. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年3月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
D: Purine nucleoside phosphorylase
E: Purine nucleoside phosphorylase
F: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,67012
ポリマ－216,7636
非ポリマー9076
水5,495305
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8356
ポリマ－108,3813
非ポリマー4533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
2
D: Purine nucleoside phosphorylase
E: Purine nucleoside phosphorylase
F: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8356
ポリマ－108,3813
非ポリマー4533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.553, 129.676, 104.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.250566, -0.074923, 0.965196), (-0.878394, 0.436734, -0.19413), (-0.406989, -0.896465, -0.175243)-19.15956, -24.93316, -26.0279
3given(-0.249367, -0.872667, -0.419844), (-0.0807, 0.450758, -0.888991), (0.965041, -0.187804, -0.182828)-36.99704, -13.39441, 9.24237
4given(-0.765926, 0.595478, 0.24241), (-0.612865, -0.790174, 0.004631), (0.194304, -0.145018, 0.970163)-10.73059, -18.3784, 52.54174
5given(0.418835, -0.226828, 0.879276), (0.341015, -0.858135, -0.383813), (0.841598, 0.4606, -0.282065)35.82217, -32.89026, -13.96942
6given(0.648641, 0.597767, -0.471105), (-0.393861, -0.266022, -0.879833), (-0.65126, 0.756245, 0.062884)-40.29243, -67.63328, -7.0838

-
要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 36127.129 Da / 分子数: 6 / 変異: W16Y, W94Y, W178Y, H257W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP, PNP, X00737.1 / プラスミド: pCRT7/NT-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8000, 20% glycerol, 0.16M magnesium acetate, 0.08M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 61417 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6104 / Rsym value: 0.872 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 12.235 / SU ML: 0.258 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.158 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26099 3106 5.1 %RANDOM
Rwork0.22152 ---
obs0.22346 58023 99.93 %-
all-53481 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å2-0.58 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13234 0 66 305 13605
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01913639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.96918464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7851700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10523.365627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.834152270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.21215103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 227 -
Rwork0.367 4238 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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