PDB-4ebr: Crystal structure of Autophagic E2, Atg10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ebr

タイトル

Crystal structure of Autophagic E2, Atg10

要素

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10

キーワード

LIGASE / E2-Conjugating enzyme / Autophagy / protein binding / Atg3 / Atg5 / Atg7 / Atg12 / Thiolation

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg12 transferase activity / : / protein modification by small protein conjugation / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / autophagy of mitochondrion / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / macroautophagy
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Hong, S.B. / Kim, B.W. / Kim, J.H. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the autophagic E2 enzyme Atg10
著者: Hong, S.B. / Kim, B.W. / Kim, J.H. / Song, H.K.

履歴

登録	2012年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ebr.cif.gz	143.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ebr.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ebr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ebr_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ebr_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	4ebr_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4ebr_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r04-d 5qq6-d 3r8b-5 5qpr-d 3hl4-d 6r07-d 5q1u-d 5qqb-d 3r8b-7 2aq1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (3)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10

B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.833, 127.833, 169.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-317- HOH
2	1	B-304- HOH
3	1	B-315- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG10 / Autophagy-related protein 10 分子量: 20109.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508, S288c / 遺伝子: ATG10, APG10, YLL042C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q07879, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM bis-Tris-HCl (pH 6.15), 3M NaCl, 1mM 1,4-diacetoxymercury-2,3-dimetoxybutane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	4A	1	0.97951, 0.97966, 0.96
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年11月7日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2010年2月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97951	1
2	0.97966	1
3	0.96	1
4	1	1

反射

解像度: 2.701→27.835 Å / Num. all: 23338 / Num. obs: 23007 / % possible obs: 98.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度: 2.7→2.75 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.701→27.835 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2511	1886	8.67 %	random
R_work	0.2107	-	-	-
obs	0.224	21751	94.34 %	-
all	-	23056	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.819 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7844 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7844 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5688 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→27.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2604	0	2	36	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.418	3636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.726	964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	450

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7012-2.7742	0.3601	121	0.316	1295	82
2.7742-2.8558	0.3275	124	0.3086	1360	86
2.8558-2.9478	0.3335	144	0.2662	1538	96
2.9478-3.0531	0.2796	144	0.253	1550	98
3.0531-3.1752	0.3019	146	0.2412	1527	96
3.1752-3.3194	0.2496	147	0.2319	1504	94
3.3194-3.4941	0.2481	141	0.2129	1467	93
3.4941-3.7126	0.2629	144	0.2097	1544	95
3.7126-3.9985	0.2046	152	0.1779	1545	96
3.9985-4.3994	0.1939	150	0.1653	1569	97
4.3994-5.0328	0.1743	152	0.1482	1615	98
5.0328-6.3285	0.2117	157	0.2088	1643	99
6.3285-27.8367	0.2499	164	0.2386	1708	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2972	-3.8139	0.48	6.2177	2.0702	6.4229	0.0233	-0.044	1.1589	-0.6132	0.5121	-0.8412	-1.1239	0.6925	-0.5242	0.7524	-0.1329	0.0855	0.4343	-0.1379	0.474	66.7484	60.9172	113.8053
2	3.9434	-3.757	-3.4038	3.7953	3.6062	5.1365	0.0363	-0.0538	-0.0463	-0.1116	0.2254	-0.0919	0.1123	0.7918	-0.2575	0.5072	0.0344	-0.0155	0.5105	-0.0568	0.3556	69.1762	45.0089	108.3175
3	1.6746	-0.9461	-0.933	0.5984	0.4693	0.5323	0.0703	-1.7062	-0.4172	0.5579	-0.4314	-1.301	0.492	-0.1487	0.2537	1.2157	0.0436	-0.0332	1.0304	0.2543	1.0402	61.5544	38.783	119.4785
4	4.194	-0.0897	1.9045	7.753	5.6716	8.9192	-0.0218	-0.5156	0.1159	0.4765	0.3177	0.0563	-0.2252	-0.3791	-0.2864	0.4129	0.1028	-0.0039	0.4704	0.0633	0.3169	61.712	52.9009	118.7661
5	3.9089	-2.9068	1.0748	3.139	0.7934	4.743	-0.2503	-1.2176	0.3759	1.0922	0.0686	0.9275	0.479	-0.102	0.4226	0.4814	0.1813	0.0876	0.5446	-0.0181	0.4521	37.0395	42.6006	121.6993
6	5.3534	-0.0882	-1.0783	6.776	1.2974	3.9116	-0.0906	0.4659	-0.6392	-0.0844	-0.468	0.9981	0.6096	-0.4534	0.4401	0.3316	0.1023	0.0753	0.3602	-0.1284	0.6085	36.894	35.6351	108.5384
7	1.4547	-2.4525	-1.4367	5.2381	4.8107	6.8756	0.3619	0.3039	-0.2359	-0.5298	0.0375	-0.0207	-0.2994	0.1642	-0.4802	0.4638	0.1397	0.0217	0.49	-0.0695	0.6371	45.1951	34.9189	95.7244
8	0.2013	-0.0921	-0.4345	0.1034	0.477	2.3304	0.3321	1.6806	0.4826	-1.3565	-1.2013	-0.3515	0.4556	-0.8308	1.4387	1.0206	0.1968	-0.0465	0.9618	-0.2179	1.1202	44.971	49.9174	98.7665
9	7.042	-3.3638	-2.4204	2.7192	3.5583	6.4189	-0.1481	0.0353	0.3437	0.4988	0.264	-0.5541	0.1081	0.4563	-0.238	0.3867	-0.007	0.028	0.4949	-0.0451	0.4342	47.2124	42.6096	107.7213
10	8.1702	-3.6846	-2.79	6.8407	1.4153	8.6991	-0.5371	-0.1254	0.4338	0.0382	-0.1308	0.3783	-0.8919	0.2805	0.3253	0.3	0.0763	0.04	0.3003	-0.0496	0.5168	33.3636	49.8118	113.2625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ -1:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 32:106)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 107:118)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 119:165)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ -1:17)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 18:74)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 75:105)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 106:118)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 119:137)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 138:165)

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