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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ebn | ||||||
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タイトル | BlaC Amoxicillin Acyl-Intermediate Complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | Hydrolase/Antibiotic / Ambler Class A beta-lactamase / beta-lactamase / serine hydrolase / esterase / Hydrolase-Antibiotic complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mire, J.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Faropenem is Effective Against Mycobacterium tuberculosis in vitro and in vivo 著者: Mire, J.A. / Pai, P. / Siddiqi, N. / Russell, D.H. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 394.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 326 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4eblC ![]() 4ebpC ![]() 2gdnS ![]() 4ebi ![]() 4ebm ![]() 4ebo C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28214.689 Da / 分子数: 4 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 37257 / Num. obs: 37239 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 12.04 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 60.49 Å2 / Net I/σ(I): 12.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2GDN 解像度: 2.85→47.263 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.463 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.263 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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