PDB-4ebj: Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ebj

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(4')-IIb, apo

要素

Aminoglycoside nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Alpha/beta protein / Nucleotidyltransferase (NT) domain / antibiotic resistance / aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase / aminoglycoside antibiotics / tobramycin / amikacin / intracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Kudritska, M. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(4')-IIb, apo
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Kudritska, M. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ebj.cif.gz	230.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ebj.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ebj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ebj_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ebj_full_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示
XML形式データ	4ebj_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	4ebj_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ebk
類似構造データ	1hm7-d 3plz-d 3mz2-d 5w5q-d 4lfn-d 1s7w-4 1k2p-d 5xr2-3 4u40-d 5ib1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91783

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aminoglycoside nucleotidyltransferase

B: Aminoglycoside nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.444, 83.482, 90.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aminoglycoside nucleotidyltransferase 分子量: 30698.689 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BM4530 / 遺伝子: ant(4')-IIb, ant4'-IIb / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83V96, UniProt: D0E7M2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE CORRECT SEQUENCE DOES NOT CONTAIN ANY APPARENT CONFLICT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 30% PEG 5K MME, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 155176 / Num. obs: 154555 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 27.31
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / R_sym value: 0.604 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.solve)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.963 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	3895	5.01 %
R_work	0.1657	-	-
obs	0.167	77704	96.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.67 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5616 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.625 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.1866 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4072	0	70	772	4914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	5987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.282	1634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5986-1.6181	0.2948	122	0.2514	2290	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6181-1.6386	0.2941	130	0.2405	2386	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6386-1.6602	0.2841	132	0.2264	2421	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6602-1.6829	0.259	136	0.2201	2448	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6829-1.7069	0.2594	125	0.2027	2476	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7069-1.7324	0.2579	131	0.1969	2515	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7324-1.7595	0.2147	133	0.1912	2510	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7595-1.7883	0.2076	132	0.1767	2549	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7883-1.8192	0.2333	131	0.1732	2555	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8192-1.8522	0.215	138	0.1646	2577	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8522-1.8878	0.1787	142	0.1581	2600	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8878-1.9264	0.2252	134	0.1624	2610	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9264-1.9683	0.1887	142	0.1585	2659	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9683-2.014	0.1845	139	0.1564	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.014-2.0644	0.1987	138	0.1556	2671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0644-2.1202	0.1857	142	0.1604	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1202-2.1825	0.1795	143	0.1544	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1825-2.253	0.1912	141	0.1476	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
2.253-2.3335	0.1943	142	0.1538	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3335-2.4268	0.1802	143	0.1533	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4268-2.5372	0.2133	145	0.156	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5372-2.6709	0.1782	145	0.1598	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6709-2.8381	0.182	144	0.1622	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-3.057	0.2003	147	0.1696	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.057-3.3643	0.1772	147	0.1708	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3643-3.8501	0.1747	146	0.1543	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8501-4.847	0.1581	149	0.137	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.847-28.9681	0.1719	156	0.1909	2944	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9558	0.6505	0.659	1.5895	-0.4424	1.9922	-0.0836	0.1022	0.159	-0.002	0.0325	-0.0908	-0.1691	-0.0282	0.009	0.0791	0.0572	-0.0075	0.0755	0.0341	0.1321	47.2906	80.0765	14.3498
2	0.5694	-0.181	-0.0369	0.7724	-0.2766	0.4323	-0.0074	0.0424	-0.007	-0.0591	0.0211	0.1131	0.0315	-0.0735	-0.0179	0.0475	-0.0169	-0.0042	0.0514	-0.0024	0.0486	51.2218	54.797	31.0443
3	0.963	0.1371	-0.4457	1.3646	0.2208	1.0978	-0.0098	-0.1062	-0.1245	0.1058	0.0383	-0.0698	0.0351	0.0141	-0.0112	0.0323	0.0404	-0.0034	0.0319	-0.0069	0.0487	69.6047	36.7017	26.4106
4	0.3713	-0.1037	-0.0011	0.6746	0.0943	0.2775	0.0062	0.0372	0.0987	-0.0845	0.0011	-0.0585	-0.0768	0.0683	-0.0075	0.0572	-0.0198	-0.0021	0.048	0.0113	0.0728	68.0742	66.6459	24.0175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi -8:72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 73:267
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resi -6:72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 73:276

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