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- PDB-4eb7: A. fulgidus IscS-IscU complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eb7
タイトルA. fulgidus IscS-IscU complex structure
要素
  • NifU protein (NifU-1)
  • Probable cysteine desulfurase 2
キーワードTransferase/metal binding protein / Transferase-metal binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / iron ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NIF system FeS cluster assembly, NifU-like / Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / Cysteine desulfurase IscS / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 ...NIF system FeS cluster assembly, NifU-like / Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / Cysteine desulfurase IscS / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase IscS 2 / Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU 1 / Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU 2
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Marinoni, E.N. / de Oliveira, J.S. / Nicolet, Y. / Raulfs, E.C. / Amara, P. / Dean, D.R. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: (IscS-IscU)2 complex structures provide insights into Fe2S2 biogenesis and transfer.
著者: Marinoni, E.N. / de Oliveira, J.S. / Nicolet, Y. / Raulfs, E.C. / Amara, P. / Dean, D.R. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cysteine desulfurase 2
B: Probable cysteine desulfurase 2
C: NifU protein (NifU-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,08411
ポリマ－100,7243
非ポリマー1,3618
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area31640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.469, 96.129, 152.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Probable cysteine desulfurase 2


分子量: 41888.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: iscS2, AF_0564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 pRIL / 参照: UniProt: O29689, cysteine desulfurase
#2: タンパク質 NifU protein (NifU-1) / NifU protein (NifU-2)


分子量: 16946.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_0185, AF_0565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 pRIL / 参照: UniProt: O34393, UniProt: P0DMG2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE CORRECTNESS OF THE SIDE CHAIN COULD BE DETERMINED BY INSPECTING THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: proteins 20 mg/mL (in buffer 13 mM Tris and 38 mM NaCl) mixed 1:1 with 0.2 M Ammonium acetate, HEPES 100 mM, PEG 3350 25%, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→81.37 Å / Num. all: 29148 / Num. obs: 29148 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 14.76

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→81.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 31.063 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.252 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27284 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.21665 27573 98.07 %-
all-27573 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.65 Å20 Å20 Å2
2--2.94 Å20 Å2
3---4.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→81.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6400 0 69 48 6517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9688917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2655885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.60624.597248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13515982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3951532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4991.54396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95126940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87232174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9814.51977
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 91 -
Rwork0.241 1958 -
obs--95.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3744-0.1310.01141.6005-0.24281.0826-0.0184-0.14290.06290.12550.00170.05840.1329-0.03160.01680.0412-0.0040.00990.0377-0.04270.0621-5.323210.4914-0.4227
22.01140.5208-0.72061.5977-1.06572.80650.02640.75550.3418-0.3920.12790.05910.032-0.0926-0.15430.2380.03410.01780.34440.07630.1161-0.783916.1217-33.3072
311.0407-3.1623-0.22853.19940.24743.70780.10240.36120.4062-0.2032-0.017-0.2932-0.19290.2734-0.08540.28820.0182-0.00650.1295-0.04270.150229.3436-15.15343.7976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 380
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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