PDB-4eae: The crystal structure of a functionally unknown protein from List...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eae

タイトル

The crystal structure of a functionally unknown protein from Listeria monocytogenes EGD-e

要素

Lmo1068 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #4170 / Protein of unknown function DUF5068 / Domain of unknown function (DUF5068) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / D-MALATE / Lmo1068 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally unknown protein from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eae.cif.gz	168.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eae.ent.gz	135.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/4eae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/4eae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hma-d 4gqo-1 4i59-3 1miq-2 2b11-1 1pfz-3 3ooa-2 1fqa-d 3d7z-d 3qvc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05677.3

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo1068 protein

B: Lmo1068 protein

ヘテロ分子

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.964, 87.964, 94.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

Experimentally unknown

#1: タンパク質	Lmo1068 protein 分子量: 20551.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: Listeria monocytogenes, lmo1068 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8Y850
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1M DL-malic acid., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月9日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→23 Å / Num. all: 97196 / Num. obs: 97196 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 43
反射シェル	解像度: 1.32→1.35 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4813 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.32→22.593 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1773	4857	5 %	random
R_work	0.1582	-	-	-
all	0.1592	97106	-	-
obs	0.1592	97106	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.154 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3084 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3084 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.6167 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→22.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2829	0	20	539	3388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	4137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.804	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3203-1.3353	0.2917	173	0.2841	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3353-1.351	0.3114	143	0.2652	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.351-1.3675	0.2285	128	0.2427	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3675-1.3848	0.2689	147	0.2341	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3848-1.403	0.2388	175	0.2199	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.403-1.4222	0.2431	164	0.1975	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4222-1.4425	0.2062	175	0.1984	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4425-1.464	0.1901	147	0.1844	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.464-1.4869	0.2093	159	0.1755	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4869-1.5113	0.1733	171	0.1683	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5113-1.5373	0.1698	160	0.1591	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5373-1.5653	0.1709	160	0.1522	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5653-1.5954	0.1345	133	0.1503	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5954-1.6279	0.1696	187	0.1453	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6279-1.6633	0.1538	161	0.1429	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6633-1.702	0.1901	156	0.1491	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.702-1.7446	0.1719	170	0.1526	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7446-1.7917	0.1607	174	0.1476	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8444	0.1779	158	0.1504	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8444-1.9039	0.1638	154	0.1505	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9039-1.9719	0.1621	160	0.1492	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9719-2.0508	0.1667	163	0.1521	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0508-2.1441	0.1797	158	0.1492	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1441-2.257	0.1726	161	0.1483	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.3983	0.1659	181	0.1512	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3983-2.5832	0.1826	171	0.1701	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5832-2.8428	0.1985	158	0.178	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8428-3.2531	0.1656	172	0.1586	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2531-4.0945	0.1545	171	0.1307	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0945-22.5966	0.1824	167	0.1513	3132	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7489	-1.2611	-0.823	1.0145	0.7201	0.8951	0.0326	-0.2963	-0.5441	0.1484	-0.0495	0.0548	0.0877	0.0445	0.0362	0.1267	-0.0077	-0.0234	0.1615	0.0507	0.1665	51.8261	29.4436	40.7502
2	0.8448	0.4381	-0.1551	0.9976	-0.2126	0.8052	-0.0717	-0.0107	-0.1729	-0.0528	0.0094	-0.1525	0.0745	0.1399	0.0499	0.0927	-0.002	-0.0105	0.1207	0.006	0.1311	54.6923	29.954	26.9825
3	1.6067	1.2778	-0.4074	1.8526	-0.6682	1.2617	0.1566	-0.2742	0.1801	0.3565	-0.0758	0.1475	-0.1959	-0.022	-0.0348	0.1924	-0.0057	0.0325	0.1449	-0.0192	0.1362	40.6958	42.9318	40.42
4	0.4804	0.1612	-0.0928	0.7816	-0.015	1.3562	-0.0119	-0.0165	-0.0319	0.0354	0.0105	-0.1291	-0.1389	0.2023	0.0039	0.0947	-0.0286	-0.0107	0.1269	0.0002	0.1098	59.423	40.2194	28.6621
5	2.2688	-0.7856	-1.7047	1.8297	0.0771	3.2076	0.0451	0.176	-0.0754	-0.0424	0.0827	0.0652	0.179	-0.2438	-0.1275	0.1034	-0.012	-0.0129	0.1448	0.0159	0.1113	38.4837	34.953	23.6986
6	3.3777	2.0537	0.0329	2.0562	-0.1495	0.5374	-0.0761	0.2364	0.0535	-0.0722	0.099	-0.0413	-0.1885	0.1495	0.0011	0.1382	-0.0387	-0.006	0.1563	-0.0092	0.1072	56.7821	40.5376	17.7354
7	1.5966	-0.1899	0.6913	1.4101	0.4797	1.9245	-0.0658	0.1108	0.1847	-0.2696	-0.0493	-0.1314	-0.1852	0.3307	0.0306	0.1367	-0.0272	-0.0024	0.1389	0.0019	0.1543	57.2758	38.6831	15.9485
8	4.2701	-1.1806	-0.396	1.7885	0.416	0.3526	0.115	0.5181	0.1427	-0.3977	-0.1329	-0.2835	-0.0026	-0.0171	0.0237	0.1322	0.0205	0.0342	0.1624	0.0233	0.1257	50.9596	58.3002	-7.7323
9	1.229	-0.3708	-0.6026	0.7345	0.326	1.5353	0.0004	0.1818	-0.0674	-0.0107	-0.0549	0.0908	0.0472	-0.2749	0.0415	0.1398	-0.0122	0.0031	0.1453	-0.0121	0.1383	41.9581	50.2059	2.5088
10	0.9118	-0.606	-0.7079	1.4809	0.2156	1.0707	0.0351	-0.0467	0.212	-0.0892	0.0644	-0.3728	0.0266	0.1469	-0.0546	0.0594	-0.0004	0.0171	0.1082	-0.0295	0.1318	54.1864	52.2417	0.8266
11	0.616	0.2313	0.2708	1.3744	-0.1612	0.3855	-0.0211	-0.0657	0.1084	0.288	-0.0242	-0.0161	0.0175	-0.069	0.0108	0.1135	-0.0034	0.0036	0.1097	-0.0159	0.079	46.9945	54.2185	16.0157
12	0.4378	-0.2747	-0.157	1.7358	-0.4001	0.3346	0.0359	0.0837	0.0671	-0.003	0.0139	-0.2038	-0.0736	0.1807	0.0287	0.1193	-0.0087	0.0052	0.1234	-0.0067	0.1521	55.4951	59.1286	3.7974
13	1.1385	0.3738	-0.3026	0.6702	0.2339	1.0032	-0.0075	-0.0536	0.2477	-0.0007	0.0071	0.0106	-0.1615	0.032	-0.0122	0.1163	-0.0037	-0.0002	0.1	-0.0154	0.1253	47.2651	66.2885	13.053
14	0.8728	0.0485	-0.0784	1.4245	-0.6957	0.5093	-0.0113	-0.0437	-0.0283	0.1272	-0.0002	-0.0188	0.0065	-0.0097	0.0106	0.0925	-0.0056	-0.0041	0.0976	-0.013	0.0823	48.6429	48.1599	11.0542
15	1.1087	0.2839	-0.0837	1.1697	-0.4245	3.8284	-0.0664	-0.0477	-0.0764	0.0708	-0.0405	0.0617	-0.0154	-0.3413	-0.0403	0.091	0.0087	-0.0166	0.1076	-0.0033	0.1023	42.9508	44.4494	13.7699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 100:120)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 121:153)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 154:172)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 173:244)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 245:254)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 255:266)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 267:286)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 99:120)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 121:139)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 140:184)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 185:207)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 208:217)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 218:234)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 235:272)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 273:286)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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