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- PDB-4eaa: X-ray crystal structure of the H141N mutant of perosamine N-acety... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eaa
タイトルX-ray crystal structure of the H141N mutant of perosamine N-acetyltransferase from Caulobacter crescentus in complex with CoA and GDP-perosamine
要素Perosamine N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / beta helix / acetyltransferase / acetyl coenzyme A / GDP-perosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid ...Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Rossmann fold - #20 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / GDP-perosamine / Putative acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Reinhardt, L.A. / Cook, P.D. / Menden, P. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Catalytic Mechanism of Perosamine N-Acetyltransferase Revealed by High-Resolution X-ray Crystallographic Studies and Kinetic Analyses.
著者: Thoden, J.B. / Reinhardt, L.A. / Cook, P.D. / Menden, P. / Cleland, W.W. / Holden, H.M.
履歴
登録2012年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3015
ポリマ－21,8861
非ポリマー1,4144
水3,603200
1
A: Perosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Perosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Perosamine N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,90215
ポリマ－65,6593
非ポリマー4,24312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area9150 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.007, 115.007, 115.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

NA

21A-489-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Perosamine N-acetyltransferase / PerB / Hexapeptide transferase family protein


分子量: 21886.289 Da / 分子数: 1 / 変異: H141N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: CC_1011, wbqR / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: O85353, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-JB2 / GDP-perosamine / GDP-D-ペロサミン


分子量: 588.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N6O14P2
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25-30% PEG5000 MME, 100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM CoA, 5 mM GDP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日 / 詳細: montel
放射モノクロメーター: Ni-filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→81.322 Å / Num. all: 44567 / Num. obs: 44567 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8131 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 4EA7

4ea7


解像度: 1.45→40.661 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.186 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 2200 5.1 %RANDOM
Rwork0.17958 ---
obs0.18112 41237 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→40.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1463 0 88 200 1751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1052.0372229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9925222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30122.74551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2815237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7491514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8681.51046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84121670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9083574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6324.5552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 145 -
Rwork0.299 2810 -
obs--88.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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