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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e9b | ||||||
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タイトル | Structure of Peptide Deformylase form Helicobacter Pylori in complex with actinonin | ||||||
![]() | Peptide deformylase 11 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBTIOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBTIOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cui, K. / Zhu, L. / Lu, W. / Huang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of Novel Peptide Deformylase Inhibitors from Natural Products 著者: Cui, K. / Zhu, L. / Lu, W. / Huang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 772.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 775.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ALLEIIHYPSKILRTISKEVVSFDAKLHQQLDDMYETMIASEGIGLAAIQVGLPLRMLIINLPQEDGVQHKEDCLEIINPKFIETGGSMMYKEGCLSVPGFYEEVERFEKVKIEYQNRFAEVKVLEASELLAVAIQHEIDHLNGVLFVDKLSILKRKKFEKEL |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21008.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 69分子 ![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/BB2.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BB2.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CO / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-BB2 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, MPD, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 290K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→34.19 Å / Num. obs: 20879 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.725 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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