PDB-4e98: Crystal structure of possible CutA1 divalent ion tolerance protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+98

タイトル

Crystal structure of possible CutA1 divalent ion tolerance protein from Cryptosporidium parvum Iowa II

要素

CutA1 divalent ion tolerance protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

response to metal ion
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Buchko, G.W. / Robinson, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of a CutA1 divalent-cation tolerance protein from Cryptosporidium parvum, the protozoal parasite responsible for cryptosporidiosis.
著者: Buchko, G.W. / Abendroth, J. / Clifton, M.C. / Robinson, H. / Zhang, Y. / Hewitt, S.N. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.

履歴

登録	2012年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Other
改定 1.2	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.3	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e98.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e98.ent.gz	111.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e98_validation.pdf.gz	444 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e98_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	4e98_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	4e98_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/4e98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/4e98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nzaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1osc-1 1o5j-1 3ahp-2 3ahp-1 3gsd-1 2zfh-1 3gsd-4 1v6h-d 4nyp-1 1umj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CrpaA.01087.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CutA1 divalent ion tolerance protein

B: CutA1 divalent ion tolerance protein

C: CutA1 divalent ion tolerance protein

ヘテロ分子

46.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.460, 55.590, 67.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CutA1 divalent ion tolerance protein 分子量: 15585.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd6_2410 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5CX58
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Emerald Bio Precipitant Synergy Screen: 30% PEG1500, 20% PEG400, 100 mM HEPES, pH 7.5, CRPAA.01087.AA1 PB00061 at 3 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 22608 / Num. obs: 22553 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.58 / Num. unique all: 1661 / R_sym value: 0.472 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NZA

1nza

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 8.76 / SU ML: 0.124 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1153	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.2	22608	-	-
obs	0.2	22552	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2540	0	3	191	2734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.962	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.432	3	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.743	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.932	26.075	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.877	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.489	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	75	-
R_work	0.23	1521	-
obs	-	1660	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6952	0.2414	0.0237	1.3489	-0.262	0.5404	0.025	0.0496	-0.0456	0.0839	-0.0368	-0.0737	0.0151	0.1054	0.0119	0.0771	0.0091	-0.0495	0.0243	-0.0079	0.0716	35.705	9.11	15.227
2	1.1806	-0.181	-0.0734	0.9324	0.4776	0.3939	-0.0481	0.0191	-0.0726	0.09	0.0166	0.0926	0.0879	-0.0423	0.0314	0.1019	-0.0016	-0.0342	0.0202	0.0047	0.1001	17.135	4.645	16.041
3	1.4237	-0.0323	0.1806	0.7129	-0.1011	0.485	-0.0115	-0.0134	0.137	0.0046	-0.0112	0.0332	-0.1026	-0.0271	0.0227	0.0725	0.0048	-0.0264	0.0046	-0.0001	0.0791	23.785	22.64	16.663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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