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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e8x | ||||||||||||||||||
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タイトル | Lambda-[Ru(TAP)2(dppz-(Me)2)]2+ bound to d(CCGGCGCCGG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Intercalation / Photoreactive / Lambda-[Ru(TAP)2(dppz-(Me)2)]2+ | 機能・相同性 | : / Chem-RML / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å | データ登録者 | Hall, J.P. / Cardin, C.J. | 引用 | ジャーナル: Thesis, University of Reading / 年: 2014 | タイトル: The effects of disubstitution on the binding of ruthenium complexes to DNA 著者: Hall, J.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e8x.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e8x.ent.gz | 10.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4e8x_validation.pdf.gz | 732 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4e8x_full_validation.pdf.gz | 734.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4e8x_validation.xml.gz | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4e8x_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Purchased from ATDBio |
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#2: 化合物 | ChemComp-BA / |
#3: 化合物 | ChemComp-RML / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1ul 2mM DNA, 1ul 2mM lambda-[Ru(TAP)2(dppz-(Me)2)]Cl2, 6ul 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM potassium chloride, 20mM barium chloride, pH 7, ...詳細: 1ul 2mM DNA, 1ul 2mM lambda-[Ru(TAP)2(dppz-(Me)2)]Cl2, 6ul 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM potassium chloride, 20mM barium chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: Dual crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→47.09 Å / Num. all: 2219 / Num. obs: 2189 / % possible obs: 98.6 % |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.24 Å / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.18→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 8.752 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.228 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.811 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→33.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.18→2.237 Å / Total num. of bins used: 20
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