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万見
- PDB-4e80: Structural Basis for the Activity of a Cytoplasmic RNA Terminal U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+80
タイトルStructural Basis for the Activity of a Cytoplasmic RNA Terminal U-transferase
要素Poly(A) RNA polymerase protein cid1
キーワードTRANSFERASE / Beta polymerase-like nucleotidyl transferase / terminal uridine transferase / UTP / RNA / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / : / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding ...polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / : / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily ...Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Terminal uridylyltransferase cid1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Yates, L.A. / Fleurdepine, S. / Rissland, O.S. / DeColibus, L. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the activity of a cytoplasmic RNA terminal uridylyl transferase.
著者: Yates, L.A. / Fleurdepine, S. / Rissland, O.S. / De Colibus, L. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22012年8月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
B: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
C: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
D: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,2168
ポリマ－185,2794
非ポリマー1,9374
水30617
1
A: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8042
ポリマ－46,3201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8042
ポリマ－46,3201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8042
ポリマ－46,3201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Poly(A) RNA polymerase protein cid1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8042
ポリマ－46,3201
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.690, 77.960, 151.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Poly(A) RNA polymerase protein cid1 / Caffeine-induced death protein 1


分子量: 46319.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: cid1, SPAC19D5.03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O13833, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% (v/v) glycerol, 25.5% (w/v) PEG4000, 170mM ammonium acetate, 85mM tri-sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→77.72 Å / Num. all: 35591 / Num. obs: 35591 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 3.2 / Biso Wilson estimate: 73.06 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→28.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9343 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2011 1783 5.01 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1777 35591 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0309 Å20 Å20.0278 Å2
2--1.5998 Å20 Å2
3----5.6307 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.523 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→28.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10339 0 116 17 10472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910699HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9814467HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4908SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1591HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10699HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11755SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.11 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 157 5.47 %
Rwork0.231 2711 -
all0.2332 2868 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27160.2070.16043.23650.51421.5137-0.00040.0942-0.30730.0938-0.0940.22750.3138-0.15640.0944-0.1196-0.1910.0664-0.11-0.0882-0.1148-12.41-13.469522.5766
20.67770.23970.4831.89730.68331.5344-0.01610.0975-0.00070.05660.1206-0.07630.0760.1525-0.1045-0.042-0.0132-0.0376-0.11130.0093-0.061215.9329-39.46156.3986
32.5889-0.3436-0.52881.50210.2451.71130.02980.170.069-0.01330.0260.1549-0.199-0.1524-0.0558-0.1385-0.08480.0072-0.1160.0264-0.1104-27.3214-50.820144.325
42.8067-1.2765-0.94772.13830.90612.67840.1770.21920.0375-0.2709-0.0259-0.2689-0.32590.2495-0.1511-0.1295-0.1072-0.0204-0.12350.0193-0.20421.5792-60.638513.4455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|41 - A|379 A|501 - A|501 }A41 - 379
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|41 - A|379 A|501 - A|501 }A501
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|41 - B|379 B|501 - B|501 }B41 - 379
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|41 - B|379 B|501 - B|501 }B501
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|42 - C|381 C|501 - C|501 }C42 - 381
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|42 - C|381 C|501 - C|501 }C501
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|41 - D|380 D|500 - D|500 }D41 - 380
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|41 - D|380 D|500 - D|500 }D500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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