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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6io4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A | ||||||
Components | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A | ||||||
Keywords | CYTOSOLIC PROTEIN / silver / dehydrogenase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationglyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Wang, H. / Sun, H. / Wang, M. | ||||||
| Funding support | Hong Kong, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2019Title: Antimicrobial silver targets glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in glycolysis ofE. coli. Authors: Wang, H. / Wang, M. / Yang, X. / Xu, X. / Hao, Q. / Yan, A. / Hu, M. / Lobinski, R. / Li, H. / Sun, H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6io4.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6io4.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6io4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6io4_validation.pdf.gz | 532.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6io4_full_validation.pdf.gz | 567.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6io4_validation.xml.gz | 163.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6io4_validation.cif.gz | 218.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6io4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/6io4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6io6C ![]() 6iojC ![]() 1gadS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Protein | Mass: 35287.102 Da / Num. of mol.: 16 / Mutation: D78G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: gapA, b1779, JW1768 / Production host: ![]() References: UniProt: P0A9B2, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: Chemical | ChemComp-AG / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.48 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.1M Malic acid, PEG3350 20% |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: nitrogen flow / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97914 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.1→139.41 Å / Num. obs: 85684 / % possible obs: 90.4 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 306417 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1GAD Resolution: 3.1→87.773 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 28.83 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 219.97 Å2 / Biso mean: 94.9022 Å2 / Biso min: 42.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→87.773 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Hong Kong, 1items
Citation












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