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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e7y | ||||||||||||||||||
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タイトル | Lambda-[Ru(phen)2(dppz)]2+ Bound to CCGGATCCGG | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / Intercalation / Lambda-[Ru(phen)2(dppz)]2+ | 機能・相同性 | : / Lambda-Ru(phen)2(dppz) complex / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Hall, J.P. / Cardin, C.J. | ![]() ![]() タイトル: Crystal Structure of lambda-[Ru(phen)2(dppz)]2+ with oligonucleotides containing TA/TA and AT/AT steps show two intercalation modes. 著者: Niyazi, H. / Hall, J.P. / O'Sullivan, K. / Winter, G. / Sorensen, T. / Kelly, J.M. / Cardin, C.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Purchased from ATDBio |
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#2: 化合物 | ChemComp-RKP / |
#3: 化合物 | ChemComp-BA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1ul 2mM DNA Oligomer, 1ul 3mM Lambda-[Ru(phen)2(dppz)]2+, 1ul 1mM Lambda-[Ru(tap)2(dppz-(Me)2]2+, 6ul 10% 1-methyl-2,4-pentanediol, 40mM Sodium cacodylate, 12mM Spermeine tetra-HCl, 80mM ...詳細: 1ul 2mM DNA Oligomer, 1ul 3mM Lambda-[Ru(phen)2(dppz)]2+, 1ul 1mM Lambda-[Ru(tap)2(dppz-(Me)2]2+, 6ul 10% 1-methyl-2,4-pentanediol, 40mM Sodium cacodylate, 12mM Spermeine tetra-HCl, 80mM Potassium Chloride, 20mM Barium Chloride, equilibrated against 1ml 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) dual crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→34.66 Å / Num. all: 4747 / Num. obs: 4747 / % possible obs: 100 % |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.951 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
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