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- PDB-4e7h: PFV intasome prior to 3'-processing, Apo form (UI-Apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e7h
タイトルPFV intasome prior to 3'-processing, Apo form (UI-Apo)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*T)-3')
  • Pro-Pol polyprotein
キーワードRECOMBINATION/DNA / protein-DNA complex / tetramer / HHCC motif / endonuclease / metal-binding / multifunctional enzyme / nuclease / nucleotidyltransferase / nucleus / transferase / virion / DNA-binding / zinc-binding / viral protein / recombination / viral protein-DNA complex / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5701 Å
データ登録者Hare, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: 3'-Processing and strand transfer catalysed by retroviral integrase in crystallo.
著者: Hare, S. / Maertens, G.N. / Cherepanov, P.
履歴
登録2012年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-Pol polyprotein
B: Pro-Pol polyprotein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,05420
ポリマ－100,5614
非ポリマー1,49316
水4,179232
1
A: Pro-Pol polyprotein
B: Pro-Pol polyprotein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子

A: Pro-Pol polyprotein
B: Pro-Pol polyprotein
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,10740
ポリマ－201,1228
非ポリマー2,98532
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area33110 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area55330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.470, 159.470, 123.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pro-Pol polyprotein / Pr125Pol / Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H / p87Pro-RT-RNaseH / Protease/Reverse ...Pr125Pol / Protease/Reverse transcriptase/ribonuclease H / p87Pro-RT-RNaseH / Protease/Reverse transcriptase / p65Pro-RT / Ribonuclease H / RNase H / Integrase / IN / p42In


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 752-1143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 株: HSRV2 / 遺伝子: pol / プラスミド: pSSH6P-PFV-INFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2
参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: viral DNA / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5812.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)

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非ポリマー , 5種, 248分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V), GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 2MM EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0389 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0389 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→40 Å / Num. obs: 50886 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OY9

3oy9


解像度: 2.5701→36.916 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2562 5.04 %
Rwork0.1863 --
obs0.188 50851 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.704 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9846 Å20 Å2-0 Å2
2--1.9846 Å2-0 Å2
3----3.9693 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5701→36.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4371 773 88 232 5464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3647587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3332067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075853
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5701-2.61950.39891350.35432667X-RAY DIFFRACTION100
2.6195-2.67290.35921440.3272643X-RAY DIFFRACTION100
2.6729-2.7310.35391570.30882645X-RAY DIFFRACTION100
2.731-2.79450.35471390.29562679X-RAY DIFFRACTION100
2.7945-2.86440.31531490.2622638X-RAY DIFFRACTION100
2.8644-2.94180.26051470.2372678X-RAY DIFFRACTION100
2.9418-3.02830.28141200.20512678X-RAY DIFFRACTION100
3.0283-3.1260.24041370.19732687X-RAY DIFFRACTION100
3.126-3.23770.23821340.18092664X-RAY DIFFRACTION100
3.2377-3.36720.21171360.16962704X-RAY DIFFRACTION100
3.3672-3.52040.20631520.17142658X-RAY DIFFRACTION100
3.5204-3.70580.18351350.17312685X-RAY DIFFRACTION100
3.7058-3.93780.20241490.17682688X-RAY DIFFRACTION99
3.9378-4.24140.18591530.1642684X-RAY DIFFRACTION100
4.2414-4.66750.19191600.14372697X-RAY DIFFRACTION99
4.6675-5.34110.18011520.15482711X-RAY DIFFRACTION99
5.3411-6.72260.21761280.18232764X-RAY DIFFRACTION99
6.7226-36.91990.21321350.18972719X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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