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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e7f | ||||||
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タイトル | E. cloacae C115D MurA in complex with UDP | ||||||
![]() | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / open enzyme state / cell wall / biogenesis/degradation / peptidoglycan synthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J.-Y. / Betzi, S. / Yang, Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Open-close transition of MurA 著者: Zhu, J.-Y. / Yang, Y. / Betzi, S. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 277.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 879.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 902.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44841.352 Da / 分子数: 4 / 変異: C115D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_04571, murA, murZ / プラスミド: pET9D / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | IAS67 FORMS AN ISOPEPTIDI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 mg/mL MurA, 5 mM UDP, 25 mM HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, pH 5.5, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 96011 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3SPB 解像度: 2.15→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3902889.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4352 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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