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- PDB-4e74: Crystal structure of the RHO GTPASE BINDING DOMAIN of Plexin A4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+74
タイトルCrystal structure of the RHO GTPASE BINDING DOMAIN of Plexin A4A
要素Plexin-A4
キーワードSIGNALING PROTEIN / plexin / rbd / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / anterior commissure morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / postganglionic parasympathetic fiber development / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / Other semaphorin interactions ...glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / anterior commissure morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / postganglionic parasympathetic fiber development / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / Other semaphorin interactions / sympathetic nervous system development / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor complex / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / plasma membrane => GO:0005886 / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / regulation of cell migration / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain ...Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Guan, X. / Wang, H. / Tempel, W. / Dong, A. / Tong, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the RHO GTPASE BINDING DOMAIN of Plexin A4A
著者: Guan, X. / Wang, H. / Tempel, W. / Dong, A. / Tong, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,14912
ポリマ－13,1491
非ポリマー011
水1,40578
1
A: Plexin-A4

A: Plexin-A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,29824
ポリマ－26,2982
非ポリマー022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area690 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.790, 49.790, 124.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Plexin-A4


分子量: 13149.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: PLXNA4, KIAA1550, PLXNA4A, PLXNA4B, UNQ2820/PRO34003
プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9HCM2
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→46.217 Å / Num. obs: 22346 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.208 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.58-1.620.9862.1812236161799.9
1.62-1.670.8212.7812104157199.9
1.67-1.710.6143.82120501540100
1.71-1.770.4774.83116761478100
1.77-1.820.3426.98115111432100
1.82-1.890.269.13113781396100
1.89-1.960.18112.4111292136399.9
1.96-2.040.1317.07110781304100
2.04-2.130.09821.93108111255100
2.13-2.230.07726.37105161205100
2.23-2.360.06529.74102891154100
2.36-2.50.05734.1999601098100
2.5-2.670.04738.0693091025100
2.67-2.880.04141.88697964100
2.88-3.160.05848.4812429903100
3.16-3.530.05259.2714626830100
3.53-4.080.0468.2112862738100
4.08-50.03274.410918638100
5-7.070.03570.218530511100
7.070.02969.33442232499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2r2o

2r2o


解像度: 1.58→46.217 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.227 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY ARP/WARP, COOT, the MOLPROBITY server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 1148 5.154 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.204 22274 99.973 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 61.5 Å2 / Biso mean: 17.519 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.269 Å20 Å20 Å2
2--0.269 Å20 Å2
3----0.538 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→46.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数761 0 11 78 850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9831073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94431300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.235104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58125.55627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.82315142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.631153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.6210.33650.2991359142799.79
1.621-1.6650.301760.2731310138899.856
1.665-1.7140.258730.24712811354100
1.714-1.7660.286670.22312181285100
1.766-1.8240.222770.20311791256100
1.824-1.8880.241820.21111211203100
1.888-1.9590.24640.2011111117699.915
1.959-2.0390.209610.18610581119100
2.039-2.1290.194420.1910301072100
2.129-2.2330.204440.1869711015100
2.233-2.3540.253420.184929971100
2.354-2.4960.222440.19867911100
2.496-2.6680.219550.195784839100
2.668-2.8810.257320.21751783100
2.881-3.1550.199310.197683714100
3.155-3.5250.223410.198606647100
3.525-4.0660.204250.196522547100
4.066-4.970.162280.16426454100
4.97-6.9890.21990.239323332100
6.989-46.2170.17620.266147149100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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