PDB-4e70: Crystal Structure Analysis of Coniferyl Alcohol 9-O-Methyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+70

タイトル

Crystal Structure Analysis of Coniferyl Alcohol 9-O-Methyltransferase from Linum Nodiflorum in Complex with Coniferyl Alcohol

要素

Coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / S-Adenosyl-L-methionine / small molecule O-methyltransferase / coniferyl alcohol / Dimer / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylserotonin O-methyltransferase activity / melatonin biosynthetic process / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Linum nodiflorum (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6093 Å

データ登録者

Wolters, S. / Heine, A. / Petersen, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase from Linum nodiflorum reveals a novel active-site environment.
著者: Wolters, S. / Neeb, M. / Berim, A. / Schulze Wischeler, J. / Petersen, M. / Heine, A.

履歴

登録	2012年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4emsC 4eviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4evi-d 6brg-1 6brg-3 4ems-d 6brk-d 6brg-6 6brg-4 6hon-d 6ecs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase

B: Coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase

ヘテロ分子

87.5 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.018, 104.451, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent coniferyl alcohol 9-O-methyltransferase 分子量: 43425.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Linum nodiflorum (植物) / 遺伝子: CA9OMT / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A6XNE6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-N7I / 4-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-2-methoxyphenol / Coniferyl alcohol / (E)-コニフェリルアルコ-ル分子量: 180.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 M Na/K phosphate, 0.7M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月8日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.609→30 Å / Num. all: 111552 / Num. obs: 111552 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.04 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 19

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	R_sym value	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.609-1.64	4.1	5129	0.457	0.939	1	91.6
1.64-1.67	4.1	5258	0.399	0.921	1	93.5
1.67-1.7	4.1	5283	0.349	0.983	1	94.1
1.7-1.73	4.3	5423	0.286	0.911	1	96
1.73-1.77	4.4	5425	0.234	0.923	1	96.7
1.77-1.81	4.5	5475	0.2	0.928	1	97.8
1.81-1.86	4.7	5588	0.169	0.963	1	98.8
1.86-1.91	4.8	5549	0.141	0.995	1	98.8
1.91-1.96	5	5641	0.113	0.996	1	99.5
1.96-2.03	5.3	5608	0.094	0.996	1	99.8
2.03-2.1	5.4	5644	0.08	1.036	1	99.8
2.1-2.18	5.7	5652	0.071	1.004	1	99.9
2.18-2.28	5.8	5668	0.075	1.047	1	99.9
2.28-2.4	6	5677	0.074	1.045	1	100
2.4-2.56	6	5705	0.07	1.046	1	100
2.56-2.75	6.1	5702	0.064	1.044	1	99.9
2.75-3.03	6.1	5725	0.05	1.046	1	100
3.03-3.47	6.1	5750	0.029	1.012	1	100
3.47-4.37	6	5781	0.019	1.029	1	99.7
4.37-30	5.8	5869	0.016	1.008	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6093→23.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8801 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1914	5566	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.1711	105779	97.98 %	-
all	-	111345	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.419 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.6 Å² / B_iso mean: 24.8352 Å² / B_iso min: 9.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.266 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7348 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.0008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6093→23.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5525	0	44	666	6235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	7928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1016
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.719	2075

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6093-1.6276	0.2441	159	0.2301	3170	3329	89
1.6276-1.6468	0.2727	163	0.2224	3329	3492	93
1.6468-1.6668	0.2437	192	0.2159	3281	3473	93
1.6668-1.6879	0.2612	166	0.2203	3395	3561	94
1.6879-1.7101	0.2714	171	0.2026	3356	3527	95
1.7101-1.7336	0.2086	187	0.1918	3436	3623	96
1.7336-1.7583	0.1974	177	0.1837	3439	3616	97
1.7583-1.7845	0.2109	173	0.1786	3458	3631	97
1.7845-1.8124	0.2025	192	0.1766	3469	3661	98
1.8124-1.8421	0.2174	184	0.18	3532	3716	99
1.8421-1.8739	0.2099	166	0.1758	3567	3733	99
1.8739-1.9079	0.1845	170	0.161	3529	3699	99
1.9079-1.9446	0.1705	174	0.1616	3559	3733	99
1.9446-1.9843	0.1871	179	0.1732	3565	3744	100
1.9843-2.0274	0.2137	174	0.1742	3590	3764	100
2.0274-2.0745	0.1993	191	0.1766	3572	3763	100
2.0745-2.1264	0.2008	226	0.1734	3535	3761	100
2.1264-2.1838	0.1956	182	0.1692	3571	3753	100
2.1838-2.2481	0.1982	198	0.1726	3558	3756	100
2.2481-2.3206	0.1979	197	0.1677	3579	3776	100
2.3206-2.4034	0.2031	192	0.1724	3585	3777	100
2.4034-2.4995	0.2072	207	0.1746	3574	3781	100
2.4995-2.6131	0.204	189	0.1732	3606	3795	100
2.6131-2.7507	0.2049	199	0.1832	3591	3790	100
2.7507-2.9227	0.2043	200	0.1921	3608	3808	100
2.9227-3.1479	0.2098	162	0.1782	3646	3808	100
3.1479-3.4638	0.1833	206	0.1645	3616	3822	100
3.4638-3.9628	0.159	211	0.1479	3627	3838	100
3.9628-4.9847	0.1533	177	0.1343	3716	3893	99
4.9847-23.2588	0.1821	202	0.1786	3708	3910	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.253	-0.5911	-0.0356	1.4311	0.1156	0.6868	-0.0292	-0.0763	-0.0661	0.2578	0.046	-0.0137	0.0214	-0.0086	-0.0342	0.1611	-0.009	-0.0077	0.0906	0.0216	0.0716	10.1903	-25.8937	-19.3551
2	1.2701	-0.2356	0.0669	2.3115	0.0345	0.9703	0.0247	0.1438	0.3112	-0.0924	-0.054	-0.5424	-0.2362	0.2517	0.0433	0.1737	-0.0491	0.0167	0.1944	0.0365	0.1875	17.0321	-8.9558	-39.1382
3	1.2912	-0.1817	-0.3662	1.1716	0.1061	0.7543	0.0176	0.1445	-0.0689	-0.1235	-0.0098	-0.124	-0.0397	0.0161	0.0013	0.0514	0.0009	0.0125	0.1117	-0.0038	0.0921	12.0582	-23.6174	-54.7445
4	0.8267	-1.2321	-0.6052	7.9447	3.4875	2.4652	-0.0863	-0.0486	-0.0445	0.3455	0.1523	-0.0166	0.1139	0.104	-0.0673	0.0906	-0.0049	0.0022	0.1287	0.0272	0.102	7.1872	-21.5079	-35.5611
5	2.8809	-0.5935	-0.7697	2.8175	-0.5946	1.8192	0.0105	0.1682	0.0532	-0.1318	-0.0236	0.1934	-0.2401	-0.2021	0.0076	0.1751	0.028	-0.0098	0.087	0.0068	0.109	-7.284	-2.8606	-39.4759
6	2.924	-1.1565	0.0813	1.9679	0.0959	0.6845	-0.0878	-0.2307	0.3263	0.3455	0.1108	-0.2355	-0.2348	0.0582	-0.0287	0.2756	-0.0357	-0.01	0.142	-0.0052	0.1423	12.5493	-6.6098	-16.7019
7	6.0572	1.7497	-2.1389	1.9459	-0.8538	2.4321	0.175	-0.0354	0.2653	0.2187	0.0124	0.0757	-0.4117	-0.0833	-0.183	0.3137	0.038	0.0471	0.1471	0.0023	0.1869	-4.7968	-3.5887	-12.5743
8	2.5306	-1.2713	0.7253	3.1926	-0.2499	3.6558	-0.1306	0.0728	0.4564	0.2454	0.0265	-0.1287	-0.3686	-0.1126	0.0548	0.2571	0.0344	0.0619	0.167	0.0221	0.2028	-10.6163	-1.1033	0.1254
9	2.9288	-0.2925	-0.8208	1.4996	0.0509	2.1136	0.062	-0.4322	0.2599	0.3567	0.0503	-0.0171	-0.0413	0.2662	-0.0941	0.3004	-0.0154	0.0578	0.2059	0.0026	0.1775	-0.2033	-13.3946	1.335
10	1.8109	0.0901	-1.3506	0.4432	-0.1001	1.9584	0.0221	-0.2235	-0.0697	0.1917	-0.0171	0.0563	0.1039	0.0695	-0.0035	0.2046	0.0039	0.0301	0.1095	0.021	0.117	-0.6441	-19.9568	-5.2502
11	3.8553	-3.6638	1.2193	4.4535	1.1963	6.0945	0.4583	-1.211	-0.4568	1.0149	-0.3103	1.3421	0.9274	-1.3343	-0.1139	0.3409	-0.1279	0.0044	0.7679	0.1066	0.4913	30.3797	-32.6034	-43.4664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:107)	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 108:168)	A	108 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 169:368)	A	169 - 368
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1000:1034)	B	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1035:1107)	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 1108:1168)	B	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 1169:1193)	B	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 1194:1250)	B	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 1251:1312)	B	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 1313:1368)	B	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 993:996)	B	993 - 996

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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