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- PDB-4e6y: Type II citrate synthase from Vibrio vulnificus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6y
タイトルType II citrate synthase from Vibrio vulnificus.
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / type II citrate synthase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane => GO:0016020 / tricarboxylic acid cycle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain ...Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Citrate synthase / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Type II citrate synthase from Vibrio vulnificus.
著者: Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5935
ポリマ－49,4091
非ポリマー1844
水90150
1
A: Citrate synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,55630
ポリマ－296,4516
非ポリマー1,10524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area45080 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area95900 Å2
2
A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,18510
ポリマ－98,8172
非ポリマー3688
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area33820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.717, 109.717, 153.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

詳細based on PISA

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要素

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 49408.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: gltA, VV1_0162 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DFP4, UniProt: A0A3Q0L1H4*PLUS, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium formate, 20 % PEG-3350, 20 mM HEPES buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.4 Å / Num. all: 19591 / Num. obs: 19591 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 2.182 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.5417.40.9394.79581.058100
2.54-2.5917.30.8119461.148100
2.59-2.6417.40.6869521.181100
2.64-2.6917.50.6059711.266100
2.69-2.7517.30.5359481.3100
2.75-2.8217.60.469651.388100
2.82-2.8917.50.4529551.433100
2.89-2.9617.60.3399631.682100
2.96-3.0517.70.3159571.782100
3.05-3.1517.70.2499651.912100
3.15-3.2617.70.2199712.066100
3.26-3.3917.70.1879692.293100
3.39-3.5517.60.1649682.469100
3.55-3.7317.60.1459752.578100
3.73-3.9717.40.139812.589100
3.97-4.2717.40.1169962.72100
4.27-4.717.40.1079962.797100
4.7-5.3817.30.10610033.018100
5.38-6.7816.90.10810344.028100
6.78-5015.80.08311184.62698.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3l96

3l96
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→45.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.645 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 996 5.1 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
all0.1907 19512 --
obs0.1907 19512 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.08 Å2 / Biso mean: 52.4796 Å2 / Biso min: 25.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 12 50 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9544692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1585425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8923.476164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12315568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4891523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212667
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 60 -
Rwork0.253 1179 -
all-1239 -
obs-1239 99.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.9121 Å / Origin y: 25.7548 Å / Origin z: 13.5515 Å
111213212223313233
T0.0223 Å2-0.0122 Å20.0002 Å2-0.0449 Å2-0.0019 Å2--0.0412 Å2
L0.4289 °20.1203 °20.1409 °2-0.7141 °2-0.2855 °2--0.9798 °2
S-0.0145 Å °0.0256 Å °0.0013 Å °-0.0245 Å °-0.0259 Å °-0.1559 Å °-0.061 Å °0.2024 Å °0.0404 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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