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- PDB-4e6p: Crystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase (Target PS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6p
タイトルCrystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase (Target PSI-012078) from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)-binding / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
機能・相同性
機能・相同性情報


galactitol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / quinone binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
galactitol 2-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a probable sorbitol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Kumar, P.R. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. / ...著者: Kumar, P.R. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. / Zencheck, W. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,59725
ポリマ－111,4504
非ポリマー1,14721
水9,566531
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17110 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
2
A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,20511
ポリマ－55,7252
非ポリマー4809
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
3
A: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26712
ポリマ－55,7252
非ポリマー54310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
4
B: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,39114
ポリマ－55,7252
非ポリマー66712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
5
C: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
D: Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,32913
ポリマ－55,7252
非ポリマー60511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.190, 90.407, 87.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is probably a tetramer

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要素

#1: タンパク質
Probable sorbitol dehydrogenase (L-iditol 2-dehydrogenase)


分子量: 27862.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: smoS, R02441, SMc01500 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92N06, L-iditol 2-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 5mM NAD BEFORE FREEZING. Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection ...詳細: THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH 5mM NAD BEFORE FREEZING. Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 65989 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.855 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.145.90.18231140.885193.5
2.14-2.185.90.15831160.861194.3
2.18-2.225.90.1531910.884195.6
2.22-2.265.90.14332340.96196.9
2.26-2.3160.12332590.856197.8
2.31-2.376.10.11532810.849198.6
2.37-2.426.30.10833130.854199.2
2.42-2.496.40.10933050.89199.3
2.49-2.566.60.10333270.93199.6
2.56-2.656.80.09932900.931199.6
2.65-2.746.90.08933610.995199.6
2.74-2.857.10.08533041.011199.8
2.85-2.987.20.07533441.015199.8
2.98-3.147.40.06733451.01199.7
3.14-3.337.50.05733460.895199.9
3.33-3.597.60.04733590.8091100
3.59-3.957.60.04233580.8031100
3.95-4.527.60.03533440.677199.9
4.52-5.77.60.03233940.5571100
5.7-507.40.03134040.542198.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-55.506-43.71-26.343S201
2-47.66-29.007-12.514S200.96
3-48.079-41.674-42.422S200.96
4-67.983-51.4323.454S200.95
5-37.949-43.654-15.784S200.91
6-76.484-36.681-19.811S200.88
7-62.614-25.856-16.036S200.87
8-71.393-36.215-5.345S200.87
9-47.29-28.993-33.107S200.87
10-30.372-31.089-10.241S200.86
11-60.403-46.932-12.232S200.85
12-79.978-21.381-17.593S200.85
13-64.339-36.2151.793S200.85
14-41.808-34.516-27.881S200.85
15-39.287-38.179-23.614S200.85
16-74.082-36.614-10.276S200.84
17-84.642-28.044-28.311S200.68
18-46.459-14.184-24.324S200.66
19-74.828-53.028-23.121S200.62
20-44.854-58.552-21.548S200.59
21-60.926-19.9421.899S200.59
22-61.464-44.80213.125S200.56
23-28.323-43.567-4.819S200.51
24-51.855-29.094-47.176S200.43
25-28.266-36.579-32.302S200.26
26-85.084-36.486-1.014S200.22
27-90.953-41.163-27.219S200.22
28-29.689-45.873-31.964S200.19
29-96.549-31.1470.368S200.18
30-92.095-36.359-21.257S200.17
31-67.339-53.9956.068S200.11
32-81.512-26.369-28.922S200.1
33-99.797-36.75115.901S200.09
34-61.155-47.258-16.05S200.09
35-44.472-29.741-30.875S200.01

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.096→29.302 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8805 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PARTIAL NAD DENSITY IS OBSERVED IN ALL 4 MONOMERS AT THE SAME POSITION. ALTHOUGH THIS PARTIAL DENSITY IS SEEN IT IS NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 3324 5.04 %random
Rwork0.1611 ---
obs0.1633 65912 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.346 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.71 Å2 / Biso mean: 25.5247 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4366 Å2-0 Å20.838 Å2
2--0.0706 Å2-0 Å2
3---0.366 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→29.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7624 0 72 531 8227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01210593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5942824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.096-2.12590.20181140.1492400251491
2.1259-2.15770.22261420.14452467260994
2.1577-2.19140.18741390.13942497263695
2.1914-2.22730.19071350.14562527266296
2.2273-2.26570.23081420.15172548269097
2.2657-2.30680.21261260.15372615274198
2.3068-2.35120.22811350.15252585272099
2.3512-2.39920.21041300.14492621275199
2.3992-2.45130.20371470.1512626277399
2.4513-2.50830.20361390.15892637277699
2.5083-2.5710.2321460.161926202766100
2.571-2.64050.22561370.165625972734100
2.6405-2.71810.20781350.155226512786100
2.7181-2.80580.23731560.17426162772100
2.8058-2.9060.26421410.167626412782100
2.906-3.02220.20391430.16532642278599
3.0222-3.15960.20021450.157526092754100
3.1596-3.3260.18171310.159926742805100
3.326-3.5340.20741150.1626522767100
3.534-3.80640.21011530.15126762829100
3.8064-4.18840.17751430.159226632806100
4.1884-4.79220.18411520.150326232775100
4.7922-6.0290.22171360.190226872823100
6.029-29.30450.1991420.18892714285699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06920.0375-0.49882.05470.53532.3275-0.04430.65420.0582-0.510.0281-0.1451-0.028-0.0293-0.00340.2599-0.01120.06870.3126-0.00120.112568.13083.633-13.3793
22.0394-1.1293-0.01812.06250.08730.9930.00970.199-0.0822-0.2470.02030.00860.02320.0095-0.03420.1366-0.03350.0010.1375-0.00370.07356.41873.593-0.4052
33.9479-1.65751.94810.9016-1.13191.4411-0.02310.34110.467-0.15820.03290.015-0.10560.0430.02920.2242-0.003-0.01240.15510.10860.237255.092427.274-2.3081
42.0738-1.34260.13494.8842-0.57411.3835-0.0220.16390.2304-0.20490.0103-0.2085-0.11380.04980.02080.101-0.0210.00590.1074-0.01320.086769.12939.65645.6143
52.61220.0617-0.48331.85690.38882.1768-0.09980.1587-0.2073-0.0415-0.05330.30950.1538-0.19050.09310.0749-0.0192-0.0250.123-0.03570.201325.38610.930311.5988
61.4227-0.8593-0.20292.25070.43570.67890.020.1186-0.0907-0.1623-0.03740.2171-0.0254-0.09350.02680.1027-0.021-0.03360.10810.00670.08541.68874.44637.5051
71.1627-0.5854-1.8452.71382.58694.0351-0.01170.1333-0.50910.20760.03370.18240.9993-0.09870.1480.48740.016-0.11370.1422-0.04970.322748.664-16.284217.8719
82.5126-1.10220.47594.6989-0.65582.0107-0.04560.0036-0.12930.13020.05540.12450.13490.0019-0.00960.107-0.009-0.0140.1221-0.01640.079540.83715.943522.5966
92.4268-0.2101-0.312.17760.02012.22910.0587-0.28290.28990.31390.02810.1811-0.08980.0037-0.05090.1617-0.00830.0550.128-0.03340.124544.355116.625546.0308
101.3591.0568-0.73562.1882-0.58661.06160.0316-0.11570.02650.1636-0.01440.0204-0.03670.0124-0.01080.10510.0188-0.0160.0932-0.01350.070756.871113.38734.1065
114.50411.68230.52673.11540.64910.1396-0.2193-0.25430.8263-0.1452-0.01080.2307-0.3927-0.0590.11030.3607-0.0015-0.07780.1462-0.04320.28751.375333.944122.9909
121.570.2072-0.15785.1373-2.3952.3048-0.04330.03250.0431-0.01350.08310.1329-0.0233-0.0652-0.03950.0992-0.0049-0.03170.1295-0.02840.112843.508911.650526.8581
132.5688-0.0373-0.75091.46880.46111.8326-0.0614-0.1684-0.03720.14390.0283-0.30830.08080.35740.05330.0242-0.0191-0.00350.1477-0.01840.185388.299713.71122.9449
141.28190.6519-0.36162.0021-0.76571.29310.0124-0.05130.01280.0253-0.0324-0.2213-0.00660.12050.02890.07740.0178-0.01750.0986-0.01610.113171.159113.999326.0105
151.0277-0.6489-0.75951.3185-1.27625.4644-0.1343-0.1019-0.2110.1297-0.0004-0.11750.4410.2920.10810.1980.0491-0.01890.1150.02570.197571.6322-9.572128.0035
161.65080.5587-0.21256.3042-1.63321.7094-0.0770.0683-0.1714-0.1181-0.0507-0.21940.17960.12760.12330.12840.00170.01280.1104-0.02840.083272.68787.882212.0759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:90)A2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 91:185)A91 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 186:222)A186 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 223:257)A223 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 2:90)B2 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 91:185)B91 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 186:222)B186 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 223:257)B223 - 257
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 2:90)C2 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 91:185)C91 - 185
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 186:222)C186 - 222
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 223:257)C223 - 257
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 2:90)D2 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 91:185)D91 - 185
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 186:222)D186 - 222
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 223:257)D223 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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