PDB-4e4p: Second native structure of Xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e4p

タイトル

Second native structure of Xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2

要素

Endo-1,4-beta-xylanase A

キーワード

HYDROLASE / xylanase / Paenibacillus / TIM barrel / beta/alpha 8 fold

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Pozharski, E. / St John, F.J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2.
著者: St John, F.J. / Preston, J.F. / Pozharski, E.

履歴

登録	2012年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e4p.cif.gz	250.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e4p.ent.gz	204.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rdkC 3ro8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rfn-d 3kof-2 2x3u-d 5jbc-d 2bsa-d 6j7c-d 4e6e-d 2i6a-4 3lc5-d 5cyo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.518, 58.528, 65.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.810, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A 分子量: 38401.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: PCR cloned GH10 catalytic domain from a 8-module xylanase having a N-terminal His tag with a thrombin cleavage site for removal 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. (バクテリア) / 株: JDR-2 / 遺伝子: Pjdr2_0221, xynA, xynA1 / プラスミド: pETXynA1CD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6CRV0, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化	温度: 294.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM MgCl2, 100mM HEPES sodium salt, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.5K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 105 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.92→84.82 Å / Num. obs: 48561 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 3.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.92-2	7	4845	1.058	1	100
2-2.08	7.2	4793	1.071	1	100
2.08-2.17	7.4	4863	1.033	1	100	0.805
2.17-2.29	7.4	4808	1.141	1	100	0.661
2.29-2.43	7.5	4862	1.074	1	100	0.485
2.43-2.62	7.5	4836	1.074	1	100	0.345
2.62-2.88	7.5	4846	1.119	1	100	0.222
2.88-3.3	7.4	4857	1.063	1	100	0.131
3.3-4.16	7.4	4898	0.974	1	100	0.07
4.16-50	7.2	4953	0.946	1	98.9	0.05

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 12.726 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2946	2440	5 %	RANDOM
R_work	0.2534	-	-	-
obs	0.2555	48381	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.98 Å² / B_iso mean: 44.588 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	1.24 Å²
2-	-	-1.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4644	0	6	225	4875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.931	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.351	5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.328	25.702	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.408	15	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.058	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.13	1.5	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.911	2	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.525	3	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.378	4.5	1774

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.543	153	-
R_work	0.48	3062	-
all	-	3215	-
obs	-	-	88.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8585	3.1219	1.3472	5.3483	-1.7332	4.5922	0.186	-0.0127	-1.2806	-0.2308	-0.4552	-1.0896	0.9256	1.2959	0.2692	0.4848	0.2187	0.0264	0.5423	0.1572	0.2897	23.78	-36.489	24.206
2	1.066	0.369	0.349	1.9043	-1.1281	3.5953	0.0781	0.0468	-0.1592	-0.0975	-0.0986	-0.0084	0.3187	0.0452	0.0204	0.2564	-0.0151	-0.0041	0.1699	-0.002	0.0294	2.239	-26.924	17.732
3	2.3018	1.2122	-1.1548	2.9833	-2.4649	4.8537	0.142	0.1832	0.2289	0.116	0.0047	0.0414	-0.6125	-0.0931	-0.1467	0.221	0.0075	0.0016	0.1588	0.0004	0.0679	3.315	-12.551	15.151
4	3.0952	2.024	-3.2639	4.8394	-4.1908	8.1663	0.0431	-0.0709	-0.0233	0.2478	-0.2362	0.0023	-0.1226	0.3697	0.1932	0.2016	-0.0517	-0.076	0.1824	0.0202	0.0159	12.019	-15.454	22.573
5	4.9572	-2.3476	-2.5552	3.89	1.5593	4.5255	0.047	0.0117	0.1745	0.0565	-0.2648	-0.2291	-0.2725	0.5998	0.2178	0.2594	-0.0699	-0.0636	0.3641	0.1037	0.0624	19.973	-15.154	20.012
6	4.8061	-0.2561	-1.4128	3.53	0.8318	13.0138	-0.1967	0.0835	0.0098	-0.1822	-0.1402	-0.4686	0.041	1.8567	0.3369	0.1815	0.0616	-0.0145	0.6921	0.2217	0.184	30.534	-23.236	18.896
7	9.6547	3.2669	1.8916	10.6198	-1.6555	4.8537	0.0813	-0.0655	-1.3953	-0.0347	-0.4746	-1.2462	1.0811	1.3959	0.3933	0.4881	0.2368	0.0884	0.5955	0.1926	0.2708	14.341	-7.321	55.588
8	2.0418	-0.1248	0.7165	1.8939	-1.1828	4.0021	0.1196	0.0258	-0.0901	-0.127	-0.1138	-0.038	0.3753	0.0341	-0.0058	0.2604	-0.026	-0.0014	0.1516	-0.0069	0.0237	-8.381	1.605	48.712
9	3.5135	2.8193	-1.8797	2.4445	-3.9912	5.2629	0.1194	0.2602	0.2987	0.2764	0.0032	0.2925	-0.6155	-0.0184	-0.1226	0.252	0.0122	-0.0118	0.1579	-0.0055	0.068	-6.368	17.601	44.279
10	3.3283	2.0813	-3.612	5.4892	-4.5234	8.3968	0.0664	-0.0874	0.0242	0.2527	-0.2129	-0.0197	-0.1119	0.394	0.1465	0.1882	-0.0528	-0.0713	0.1832	0.0152	0.0181	1.465	13.354	53.542
11	7.2636	-9.9202	-5.123	15.7569	8.4387	10.3103	-0.1248	-0.3724	0.5017	0.783	-0.0298	-0.3222	-0.2416	0.0011	0.1546	0.3445	-0.1145	0.004	0.2246	-0.0318	0.0527	-1.162	19.455	59.308
12	4.2913	-1.1327	-1.7984	5.3916	0.432	6.8634	-0.0333	0.0657	0.101	-0.1329	-0.1985	-0.367	-0.0398	1.1988	0.2318	0.1766	-0.0192	-0.0572	0.5812	0.1641	0.0913	17.119	8.99	47.928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	147 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	177 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	214 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	277 - 305
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	5 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	43 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	144 - 175
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	176 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	212 - 231
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	232 - 305

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)