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- PDB-4e4j: Crystal structure of arginine deiminase from Mycoplasma penetrans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4j
タイトルCrystal structure of arginine deiminase from Mycoplasma penetrans
要素Arginine deiminase
キーワードHYDROLASE / arginine deiminase / L-arginine / L-citrulline / NH3
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine deiminase activity / :
類似検索 - 分子機能
Pentein / Arginine deiminase / Arginine deiminase / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma penetrans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Benach, J. / Gallego, P. / Planell, R. / Querol, E. / Perez Pons, J.A. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of the Enzymes Composing the Arginine Deiminase Pathway in Mycoplasma penetrans.
著者: Gallego, P. / Planell, R. / Benach, J. / Querol, E. / Perez-Pons, J.A. / Reverter, D.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine deiminase
B: Arginine deiminase
C: Arginine deiminase
D: Arginine deiminase
E: Arginine deiminase
F: Arginine deiminase
G: Arginine deiminase
H: Arginine deiminase
I: Arginine deiminase
J: Arginine deiminase
K: Arginine deiminase
L: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)589,29524
ポリマ－588,86912
非ポリマー42512
水29,0941615
1
A: Arginine deiminase
B: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
2
C: Arginine deiminase
D: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
3
E: Arginine deiminase
F: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30860 Å2
手法PISA
4
G: Arginine deiminase
H: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
5
I: Arginine deiminase
J: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PISA
6
K: Arginine deiminase
L: Arginine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2164
ポリマ－98,1452
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.548, 128.875, 220.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Arginine deiminase


分子量: 49072.441 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma penetrans (バクテリア)
株: HF-2 / 遺伝子: MYPE6080 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8EVF6
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.7 M Ammonium sulfate, pH 7 bis-tris 0.1M amb 15% glyOH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
詳細: (111) monochromator and Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez configuration
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 290893 / Num. obs: 290893 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.58 Å29.92 Å
Translation2.58 Å29.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8429 / σ(F): 1971
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 14608 4.9 %
Rwork0.2097 274281 -
obs-288889 96.9 %
溶媒の処理Bsol: 31.2009 Å2
原子変位パラメータBiso max: 90.41 Å2 / Biso mean: 34.7898 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.937 Å20 Å2-1.039 Å2
2---5.811 Å20 Å2
3---4.874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38004 0 12 1615 39631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.325
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9312.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.380.331913990.3008266662806594.6
2.38-2.480.324614550.2804271892864496.3
2.48-2.590.303414860.2681271462863296.4
2.59-2.730.290514870.2519272282871596.7
2.73-2.90.286814720.2454273352880796.8
2.9-3.120.266314210.2321274772889897.1
3.12-3.430.253514650.2272275972906297.4
3.43-3.930.225814680.2004277112917997.7
3.93-4.950.187814360.1574278392927597.9
4.95-300.173615190.161280932961297.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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