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- PDB-4e3c: X-ray crystal structure of human IKK2 in an active conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e3c
タイトルX-ray crystal structure of human IKK2 in an active conformation
要素Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / Kanase / auto-phosphorylation / NEMO binding
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / toll-like receptor 3 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of phosphorylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / cortical actin cytoskeleton organization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein maturation / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein localization to plasma membrane / Regulation of NF-kappa B signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / response to virus / PKR-mediated signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / scaffold protein binding / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / membrane raft / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Polley, S. / Huang, D.B. / Hauenstein, A.V. / Ghosh, G. / Huxford, T.
引用ジャーナル: Plos.Biol. / 年: 2013
タイトル: X-ray crystal structure of human IKK2 in an active conformation
著者: Polley, S. / Huang, D.B. / Hauenstein, A.V. / Fusco, A.J. / Zhong, X. / Vu, D. / Hoffmann, A. / Verma, I.V. / Ghosh, G. / Huaford, T.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
C: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
D: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
E: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
F: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,9816
ポリマ－462,9816
非ポリマー00
水00
1
A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
F: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3272
ポリマ－154,3272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area65060 Å2
手法PISA
2
B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
C: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3272
ポリマ－154,3272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area63580 Å2
手法PISA
3
D: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
E: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3272
ポリマ－154,3272
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area64490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.810, 170.810, 509.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質
Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB


分子量: 77163.523 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP Residues 11-669 / 変異: S177E, S181E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB / プラスミド: pFastBac HTb
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.2M sodium malonate, 250mM ammonium acetate, 10mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.98→30 Å / Num. all: 63535 / Num. obs: 53076 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.98→4.12 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QA8

3qa8


解像度: 3.98→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 27933.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 2032 3.8 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.267 53076 81 %-
all-63535 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.5303 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 140.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å20 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----2.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.67 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.04 Å1.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.98→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30416 0 0 0 30416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3.98→4.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 246 3.4 %
Rwork0.376 6951 -
obs--67.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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