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- PDB-4e37: Crystal Structure of P. aeruginosa catalase, KatA tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+37
タイトルCrystal Structure of P. aeruginosa catalase, KatA tetramer
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catalase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者VanderWielen, B.D. / Wilson, J.J. / Kovall, R.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: KatA, the Major Catalase in Pseudomonas aeruginosa, Assists in Protecting Anaerobic Bacteria From Metabolic and Exogenous Nitric Oxide
著者: Su, S. / Wilson, J.J. / Panmanee, W. / Makris, T. / Lipscomb, J.D. / Kim, S. / Cho, Y. / Irvin, R.T. / VanderWielen, B.D. / Kovall, R.A. / Hassett, D.J.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,86812
ポリマ-223,4214
非ポリマー5,4488
8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50200 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area57320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.733, 167.427, 90.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN C AND (RESSEQ 4:53 OR RESSEQ 55:68 OR RESSEQ...
211CHAIN A AND (RESSEQ 4:53 OR RESSEQ 55:68 OR RESSEQ...
311CHAIN B AND (RESSEQ 4:53 OR RESSEQ 55:68 OR RESSEQ...
411CHAIN D AND (RESSEQ 4:53 OR RESSEQ 55:68 OR RESSEQ...

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要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 55855.152 Da / 分子数: 4 / 断片: KatA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / : ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: katA, PA4236 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O52762, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.1 M sodium acetate, 16% PEG 3350, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. all: 61328 / Num. obs: 61328 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 4.8 / Observed criterion σ(I): 4.8 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 15.58
反射 シェル解像度: 2.53→2.64 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_918)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M85
解像度: 2.53→43.462 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 3107 5.07 %
Rwork0.1743 --
obs0.1757 61323 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1281 Å2-0 Å20.0503 Å2
2---1.1961 Å20 Å2
3----1.0063 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→43.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15675 0 364 486 16525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01516573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23222592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3566130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053067
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11C3758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A3758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.172
13B3758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.181
14D3758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.57430.27291280.20862231X-RAY DIFFRACTION84
2.5743-2.61650.27211430.212662X-RAY DIFFRACTION99
2.6165-2.66160.27271260.21262667X-RAY DIFFRACTION99
2.6616-2.710.25061280.2112674X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.76210.28961400.21212651X-RAY DIFFRACTION99
2.7621-2.81850.25151360.21342675X-RAY DIFFRACTION100
2.8185-2.87980.23551370.20992633X-RAY DIFFRACTION99
2.8798-2.94670.25811470.21032707X-RAY DIFFRACTION100
2.9467-3.02040.21931500.20952640X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.1020.25941260.20282664X-RAY DIFFRACTION100
3.102-3.19330.23851350.20172677X-RAY DIFFRACTION100
3.1933-3.29630.22211480.19472664X-RAY DIFFRACTION100
3.2963-3.41410.22031280.20182709X-RAY DIFFRACTION100
3.4141-3.55070.19591380.18922695X-RAY DIFFRACTION100
3.5507-3.71230.2621300.19032461X-RAY DIFFRACTION92
3.7123-3.90790.16921460.16392667X-RAY DIFFRACTION100
3.9079-4.15250.16981630.14912673X-RAY DIFFRACTION100
4.1525-4.47280.15171510.13392665X-RAY DIFFRACTION100
4.4728-4.92240.14841480.12172686X-RAY DIFFRACTION100
4.9224-5.63340.13981600.13612698X-RAY DIFFRACTION100
5.6334-7.09250.16691340.14412704X-RAY DIFFRACTION100
7.0925-43.46830.15031650.13772713X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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