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万見
- PDB-4e2u: Crystal Structures of RadAmin intein from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2u
タイトルCrystal Structures of RadAmin intein from Pyrococcus horikoshii
要素Pho radA intein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HINT-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.582 Å
データ登録者Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: NMR and Crystal Structures of the Pyrococcus horikoshii RadA Intein Guide a Strategy for Engineering a Highly Efficient and Promiscuous Intein.
著者: Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pho radA intein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1331
ポリマ－19,1331
非ポリマー00
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.930, 63.649, 66.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pho radA intein / DNA repair and recombination protein radA


分子量: 19132.527 Da / 分子数: 1 / 変異: S150Q, G151H, K152M, C153A, K283N, T325A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: radA, PH0263 / プラスミド: pCARSF15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O58001
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 1.6 M tri-sodium citrate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月13日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→46 Å / Num. all: 28054 / Num. obs: 27745 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E2T

4e2t


解像度: 1.582→38.364 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 887 3.2 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1683 27680 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.078 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9708 Å2-0 Å20 Å2
2---6.0283 Å2-0 Å2
3---3.0574 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.582→38.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1351 0 0 251 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3991908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.185515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5821-1.68130.28241470.23254239X-RAY DIFFRACTION96
1.6813-1.81110.20721400.18224435X-RAY DIFFRACTION100
1.8111-1.99330.18641510.14974439X-RAY DIFFRACTION100
1.9933-2.28180.17131450.15154464X-RAY DIFFRACTION100
2.2818-2.87470.19451420.16724531X-RAY DIFFRACTION100
2.8747-46.01810.19221620.16684685X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.1164 Å / Origin y: 9.2798 Å / Origin z: 6.8406 Å
111213212223313233
T0.0644 Å2-0.0019 Å20.0098 Å2-0.0861 Å2-0.0015 Å2--0.085 Å2
L0.357 °2-0.0959 °2-0.0256 °2-0.9417 °20.063 °2--0.7385 °2
S0.0086 Å °-0.0006 Å °-0.0019 Å °-0.0335 Å °0.0194 Å °0.0475 Å °-0.005 Å °0.0089 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid -3:174)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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