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万見
- PDB-4e2s: Crystal structure of (S)-Ureidoglycine Aminohydrolase from Arabid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2s
タイトルCrystal structure of (S)-Ureidoglycine Aminohydrolase from Arabidopsis thaliana in complex with its substrate, (S)-Ureidoglycine
要素Ureidoglycine aminohydrolase
キーワードHYDROLASE / bi-cupin / (S)-Ureidoglycine Aminohydrolase / Manganese Binding / Endoplasmic Reticulumn
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-ureidoglycine aminohydrolase / ureidoglycine aminohydrolase activity / ureide catabolic process / allantoin catabolic process / purine nucleobase catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
(S)-ureidoglycine aminohydrolase, C-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, N-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S)-amino(carbamoylamino)ethanoic acid / (S)-ureidoglycine aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Shin, I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into (S)-ureidoglycine aminohydrolase, key enzyme of purine catabolism in Arabidopsis thaliana
著者: Shin, I. / Percudani, R. / Rhee, S.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ureidoglycine aminohydrolase
B: Ureidoglycine aminohydrolase
C: Ureidoglycine aminohydrolase
D: Ureidoglycine aminohydrolase
E: Ureidoglycine aminohydrolase
F: Ureidoglycine aminohydrolase
G: Ureidoglycine aminohydrolase
H: Ureidoglycine aminohydrolase
I: Ureidoglycine aminohydrolase
J: Ureidoglycine aminohydrolase
K: Ureidoglycine aminohydrolase
L: Ureidoglycine aminohydrolase
M: Ureidoglycine aminohydrolase
N: Ureidoglycine aminohydrolase
O: Ureidoglycine aminohydrolase
P: Ureidoglycine aminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,67948
ポリマ－483,67016
非ポリマー3,00932
水10,773598
1
A: Ureidoglycine aminohydrolase
B: Ureidoglycine aminohydrolase
C: Ureidoglycine aminohydrolase
D: Ureidoglycine aminohydrolase
G: Ureidoglycine aminohydrolase
I: Ureidoglycine aminohydrolase
J: Ureidoglycine aminohydrolase
K: Ureidoglycine aminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,33924
ポリマ－241,8358
非ポリマー1,50416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26420 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area69980 Å2
手法PISA
2
E: Ureidoglycine aminohydrolase
F: Ureidoglycine aminohydrolase
H: Ureidoglycine aminohydrolase
L: Ureidoglycine aminohydrolase
M: Ureidoglycine aminohydrolase
N: Ureidoglycine aminohydrolase
O: Ureidoglycine aminohydrolase
P: Ureidoglycine aminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,33924
ポリマ－241,8358
非ポリマー1,50416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26380 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area70190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.098, 174.894, 154.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ureidoglycine aminohydrolase / (S)-Ureidoglycine Aminohydrolase


分子量: 30229.371 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 36-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ylbA, UGLYAH, At4g17050, AT4G17050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GXV5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-UGY / (2S)-amino(carbamoylamino)ethanoic acid / (S)-2-ureidoglycine


タイプ: peptide linking / 分子量: 133.106 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 8% (w/v) PEG 8000, 8% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23985 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 140969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.21精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.59→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 14114 9.3 %
Rwork0.2094 --
obs-140969 93.3 %
溶媒の処理Bsol: 32.3768 Å2
原子変位パラメータBiso max: 73.52 Å2 / Biso mean: 40.5207 Å2 / Biso min: 4.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.446 Å20 Å2-3.466 Å2
2---3.328 Å20 Å2
3----2.118 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33216 0 160 598 33974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0322.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4UGY.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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