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万見
- PDB-4e2o: Crystal structure of alpha-amylase from Geobacillus thermoleovora... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2o
タイトルCrystal structure of alpha-amylase from Geobacillus thermoleovorans, GTA, complexed with acarbose
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / tim barrel / calcium binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase activity / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-amylase-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ACI / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermoleovorans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Mok, S.C. / Teh, A.H. / Saito, J.A. / Najimudin, N. / Alam, M.
引用ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a compact alpha-amylase from Geobacillus thermoleovorans.
著者: Mok, S.C. / Teh, A.H. / Saito, J.A. / Najimudin, N. / Alam, M.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Structure summary
改定 1.22014年7月23日Group: Database references
改定 2.02017年10月25日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3896
ポリマ－53,3461
非ポリマー1,0435
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.960, 122.960, 55.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 53345.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-478 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermoleovorans (バクテリア)
株: CCB_US3_UF5 / 遺伝子: GTCCBUS3UF5_7870 / プラスミド: pET-17xb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: G8N704, alpha-amylase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DQuipa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-4,6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DQuipa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-4,6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 338分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACI / 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL / バリエナミン


分子量: 175.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO4 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M sodium citrate, 20mM acarbose, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月1日
放射モノクロメーター: varimax hf / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.07
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 27917 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.37 % / Biso Wilson estimate: 28.638 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.160.4970.3543.146438208220190.42497
2.16-2.220.4190.2963.786676201020020.35299.6
2.22-2.280.3860.2774.126381193419250.3399.5
2.28-2.350.3160.2255.026358190819030.26899.7
2.35-2.430.3070.2185.186199185318450.25999.6
2.43-2.510.2750.2065.635983178317760.24499.6
2.51-2.610.240.1746.435746171517100.20799.7
2.61-2.710.1950.1527.525624165416500.1899.8
2.71-2.840.1680.1368.585452160416000.16199.8
2.84-2.970.1370.10710.655183152615200.12899.6
2.97-3.130.0970.08713.384971146614560.10399.3
3.13-3.330.0790.07116.044665136913640.08499.6
3.33-3.550.0650.05520.34387130012860.06598.9
3.55-3.840.0490.04723.864052119411840.05699.2
3.84-4.210.0430.04126.583785111311070.04899.5
4.21-4.70.0370.03728.923469102510150.04399
4.7-5.430.0360.03727.7130298918900.04399.9
5.43-6.650.0430.0425.4825707607560.04899.5
6.65-9.40.0320.03329.9120376035940.03998.5
9.40.020.02238.5210313433150.02691.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entrY 7TAA

7taa


解像度: 2.103→26.926 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8674 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 1407 5.04 %random
Rwork0.1616 ---
obs0.1636 27917 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.367 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 53.44 Å2 / Biso mean: 23.2821 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2991 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.2991 Å2-0 Å2
3----8.5982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→26.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 66 335 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0515282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0871424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1034-2.17850.27351390.21842600273993
2.1785-2.26570.23651370.20172631276895
2.2657-2.36870.25661370.19082654279195
2.3687-2.49350.24781380.18832628276695
2.4935-2.64960.21811440.18262658280295
2.6496-2.8540.19841380.18422650278895
2.854-3.14080.20781440.16912655279994
3.1408-3.59440.18961380.14612628276694
3.5944-4.52510.15041430.12552683282694
4.5251-26.92780.16431400.13922726286694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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