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万見
- PDB-4e2c: Crystal Structure of the periplasmic domain of the chimeric LPS O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2c
タイトルCrystal Structure of the periplasmic domain of the chimeric LPS O-antigen chain length regulator protein
要素chimeric WzzB Chain length determinant protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Chimeric polysaccharide co-polymerase / Bacterial inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chain length determinant protein / Chain length determinant protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators.
著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: chimeric WzzB Chain length determinant protein
B: chimeric WzzB Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4762
ポリマ－55,4762
非ポリマー00
水1,49583
1
A: chimeric WzzB Chain length determinant protein
B: chimeric WzzB Chain length determinant protein

A: chimeric WzzB Chain length determinant protein
B: chimeric WzzB Chain length determinant protein

A: chimeric WzzB Chain length determinant protein
B: chimeric WzzB Chain length determinant protein

A: chimeric WzzB Chain length determinant protein
B: chimeric WzzB Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,9058
ポリマ－221,9058
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30600 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area81230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.946, 116.946, 219.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 chimeric WzzB Chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator


分子量: 27738.133 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌), (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
遺伝子: cld, rol, S2210, SF2089, wzzB, STM2079 / プラスミド: pF04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792, UniProt: Q04866
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0M Sodium Citrate, 5% w/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 43.99 / 数: 151373 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.93 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19253 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.595097.910.0332.5047.1
6.037.5910010.0412.3467.8
5.276.0399.910.0462.0758
4.795.2799.810.0442.1998
4.444.7999.710.0452.3918
4.184.4499.610.0542.6338
3.974.1899.810.0632.7498
3.83.9799.910.0662.268
3.653.899.810.0812.9967.2
3.533.659910.0842.0716.9
3.423.5310010.0811.628.1
3.323.4210010.0911.5488.2
3.233.3210010.1131.5678.2
3.153.2399.910.1351.4528.2
3.083.1599.910.151.4528.2
3.023.0810010.1731.4348.2
2.963.0299.910.1871.4138.2
2.92.9610010.2191.3418.3
2.852.910010.2291.2988.2
2.82.8599.610.2431.2366.4
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23646 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 12.2 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.926 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.856.40.2439221.236199.6
2.85-2.98.20.2299521.2981100
2.9-2.968.30.2199431.3411100
2.96-3.028.20.1879501.413199.9
3.02-3.088.20.1739581.4341100
3.08-3.158.20.159411.452199.9
3.15-3.238.20.1359431.452199.9
3.23-3.328.20.1139651.5671100
3.32-3.428.20.0919441.5481100
3.42-3.538.10.0819721.621100
3.53-3.656.90.0849362.071199
3.65-3.87.20.0819562.996199.8
3.8-3.9780.0669512.26199.9
3.97-4.1880.0639712.749199.8
4.18-4.4480.0549592.633199.6
4.44-4.7980.0459712.391199.7
4.79-5.2780.0449722.199199.8
5.27-6.0380.0469902.075199.9
6.03-7.597.80.04110032.3461100
7.59-507.10.03310542.504197.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→42.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 1182 RANDOM
Rwork0.235 --
obs-19253 -
原子変位パラメータBiso max: 156.14 Å2 / Biso mean: 30.7549 Å2 / Biso min: 3.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 0 83 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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