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- PDB-4e0r: Structure of the chicken MHC class I molecule BF2*0401 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0r
タイトルStructure of the chicken MHC class I molecule BF2*0401
要素
  • 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)
  • Beta-2 microglobulin
  • MHC class I alpha chain 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC I COMPLEX / NARROW BINDING GROOVE
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex ...MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / RNA-binding domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin / FUS/TLS
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Zhang, J. / Chen, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Kaufman, J. / Xia, C. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Narrow Groove and Restricted Anchors of MHC Class I Molecule BF2*0401 Plus Peptide Transporter Restriction Can Explain Disease Susceptibility of B4 Chickens.
著者: Zhang, J. / Chen, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Liu, Y. / Liu, J. / Zhou, X. / Kaufman, J. / Xia, C. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2 microglobulin
C: 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)
D: MHC class I alpha chain 2
E: Beta-2 microglobulin
F: 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6676
ポリマ－88,6676
非ポリマー00
水9,314517
1
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2 microglobulin
C: 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3333
ポリマ－44,3333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I alpha chain 2
E: Beta-2 microglobulin
F: 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3333
ポリマ－44,3333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.196, 40.286, 131.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 MHC class I alpha chain 2 / MHC class I glycoprotein / MHC class I molecule


分子量: 31853.465 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-291 / 変異: D244E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-FIV, BF2 / プラスミド: PET21A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O46790
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin


分子量: 11469.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-F-S-b2m02 / プラスミド: PET21A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド 8-MERIC PEPTIDE (FUS/TLS)


分子量: 1010.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 319-326 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis from Fus proto-onc gene / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6J4Y8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 5% MPD, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月6日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.259→50 Å / Num. all: 36222 / Num. obs: 34950 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.26→2.36 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BEV

3bev


解像度: 2.26→43.83 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: REFMAC WAS ALSO USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1747 5 %Random
Rwork0.197 ---
all0.2 ---
obs0.2 34927 96.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.95 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8572 Å20 Å2-1.2064 Å2
2--10.0476 Å20 Å2
3----6.1904 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→43.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6118 0 0 517 6635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7718554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1382264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2593-2.32570.31031200.2211263193
2.3257-2.40080.33691280.2028272496
2.4008-2.48660.28761310.2071270195
2.4866-2.58620.27611410.2067274897
2.5862-2.70380.24931340.2129271395
2.7038-2.84640.33371370.2179277597
2.8464-3.02470.29111480.2205277698
3.0247-3.25810.25321530.2056276997
3.2581-3.58590.27031420.1829279597
3.5859-4.10440.22611710.1663279397
4.1044-5.16980.17881620.1514284399
5.1698-43.83970.22841800.1969291297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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