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- PDB-4e0k: Crystal Structure of the amyloid-fibril forming peptide KDWSFY de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0k
タイトルCrystal Structure of the amyloid-fibril forming peptide KDWSFY derived from human Beta 2 Microglobulin (58-63)
要素Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / out-of-register / fiber-forming
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Zhao, M. / Liu, C. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Out-of-register beta-sheets suggest a pathway to toxic amyloid aggregates.
著者: Liu, C. / Zhao, M. / Jiang, L. / Cheng, P.N. / Park, J. / Sawaya, M.R. / Pensalfini, A. / Gou, D. / Berk, A.J. / Glabe, C.G. / Nowick, J. / Eisenberg, D.
履歴
登録2012年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
B: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
C: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
D: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1167
ポリマ－3,3844
非ポリマー7323
水88349
1
A: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
B: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0694
ポリマ－1,6922
非ポリマー3772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area2030 Å2
手法PISA
2
C: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
D: Amyloidogenic peptide segment KDWSFY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0463
ポリマ－1,6922
非ポリマー3541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area2120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.370, 62.370, 11.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Amyloidogenic peptide segment KDWSFY


分子量: 845.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: P61769*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS PROPANE pH 6.5, 0.2 M SODIUM FLUORIDE, 20% (w/v) PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
Reflection数: 137939 / Rmerge(I) obs: 0.069 / D res high: 0.97 Å / Num. obs: 29973 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
3.074.3459998.210.046
2.513.0780699.810.06
2.172.5194910010.058
1.942.17103910010.062
1.771.94122410010.067
1.641.77128610010.071
1.531.64140010010.08
1.451.53143710010.088
1.371.45159910010.102
1.311.37158310010.12
1.251.31176910010.14
1.21.25178810010.144
1.161.2179598.510.11
1.121.16198199.310.122
1.081.12194410010.147
1.051.08201097.910.18
1.021.05209798.510.262
11.02217399.910.34
0.971216897.410.448
反射解像度: 0.97→14.981 Å / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 9.162 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
0.97-10.4482.425383216897.4
1-1.020.343.085490217399.9
1.02-1.050.2623.825435209798.5
1.05-1.080.184.895364201097.9
1.08-1.120.1475.6951591944100
1.12-1.160.1226.685411198199.3
1.16-1.20.117.225033179598.5
1.2-1.250.1449.1790451788100
1.25-1.310.1411.09117641769100
1.31-1.370.1213.16106071583100
1.37-1.450.10215.66106761599100
1.45-1.530.08818.196801437100
1.53-1.640.0820.7992831400100
1.64-1.770.07123.7285101286100
1.77-1.940.06726.1280471224100
1.94-2.170.06229.0167121039100
2.17-2.510.05829.896277949100
2.51-3.070.0631.34516580699.8
3.07-4.340.04631.9333059998.2
4.340.04331.18156832695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 0.97→14.981 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.9532 / SU ML: 0.06 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 9.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1311 1601 10.01 %
Rwork0.1119 --
obs0.1138 15997 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.541 Å2 / ksol: 0.407 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 48.94 Å2 / Biso mean: 10.9748 Å2 / Biso min: 1.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2207 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.2207 Å2-0 Å2
3----0.4415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→14.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数244 0 31 49 324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.417495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.613163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.9703-1.00160.17131400.14951251139199
1.0016-1.03740.15711440.134213031447100
1.0374-1.07890.11381450.107213011446100
1.0789-1.1280.10881420.090812781420100
1.128-1.18740.10481440.089112991443100
1.1874-1.26180.11981440.094112911435100
1.2618-1.35920.12381460.096113161462100
1.3592-1.49580.10291460.098213141460100
1.4958-1.7120.13251470.100313201467100
1.712-2.15590.13491470.107513301477100
2.1559-14.98260.14451560.13041393154999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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