PDB-4cz4: HP24stab derived from the villin headpiece subdomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cz4

タイトル

HP24stab derived from the villin headpiece subdomain

要素

VILLIN-1

キーワード

ACTIN-BINDING PROTEIN / VILLIN / SUBDOMAIN / SUPERSECONDARY / CHICKEN / HYPERSTABLE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

溶液NMR / NOES

データ登録者

Hocking, H. / Haese, F. / Madl, T. / Zacharias, M. / Rief, M. / Zoldak, G.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2015
タイトル: A Compact Native 24-Residue Supersecondary Structure Derived from the Villin Headpiece Subdomain.
著者: Hocking, H.G. / Hase, F. / Madl, T. / Zacharias, M. / Rief, M. / Zoldak, G.

履歴

登録	2014年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cz4.cif.gz	188.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cz4.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/4cz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/4cz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cz3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kwz-d 1mp7-d 5a7u-d 1mmc-d 1ico-d 2lo8-d 6gim-3 6e5j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19929

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: VILLIN-1

2.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	VILLIN-1 分子量: 2837.430 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 803-826 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02640
Has protein modification	Y
配列の詳細	DOUBLE MUTATION N68A AND K70M

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: STANDARD 2D NMR ON UNLABELLED MATERIAL

-
試料調製

詳細	内容: 10% D2O/90% WATER
試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
CYANA		構造決定
CNS		構造決定

精密化

手法: NOES / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD SCRIPTS

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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