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万見
- PDB-4e0h: Crystal structure of FAD binding domain of Erv1 from Saccharomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0h
タイトルCrystal structure of FAD binding domain of Erv1 from Saccharomyces cerevisiae
要素Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
キーワードOXIDOREDUCTASE / four-helix bundle / Flavin-linked sulfhydryl oxidase / FAD binding / oxidation / mitochondrial intermembrane space
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / mitochondrial disulfide relay system / thiol oxidase / thiol oxidase activity / protein import into mitochondrial intermembrane space / mitochondrial intermembrane space / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase ALR/ERV / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Guo, P.C. / Ma, J.D. / Jiang, Y.L. / Wang, S.J. / Hu, T.T. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of yeast sulfhydryl oxidase erv1 reveals electron transfer of the disulfide relay system in the mitochondrial intermembrane space
著者: Guo, P.C. / Ma, J.D. / Jiang, Y.L. / Wang, S.J. / Bao, Z.Z. / Yu, X.J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2012年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5842
ポリマ－12,7981
非ポリマー7861
水37821
1
A: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子

A: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1684
ポリマ－25,5972
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.553, 46.599, 58.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1 / 14 kDa regulatory protein / Essential for respiration and vegetative growth protein 1


分子量: 12798.471 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: s288c / 遺伝子: ERV1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27882, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 7555 / Num. obs: 7532 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 10.68 / Num. unique all: 727 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OQC

1oqc


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.157 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22874 346 4.6 %RANDOM
Rwork0.19228 ---
obs0.19399 7185 99.46 %-
all-7224 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.15 Å20 Å20 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 53 21 964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9791330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2185104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02924.11851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28415165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.364156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0741.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1412843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4353453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6874.5487
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 18 -
Rwork0.174 494 -
obs--96.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.314-0.02810.2061.8726-0.65591.69350.0187-0.07170.006-0.06870.05320.1918-0.13780.1071-0.07180.0564-0.0138-0.01110.01910.00520.0323-10.8449-15.7921-6.9097
22.48350.11021.81243.7521-1.17274.75920.10190.1325-0.1208-0.20510.05810.1552-0.00950.1185-0.160.02370.0005-0.01290.0083-0.00450.0129-10.4929-17.8077-8.8194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A84 - 188
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2A301 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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