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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e0h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FAD binding domain of Erv1 from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / Flavin-linked sulfhydryl oxidase / FAD binding / oxidation (酸化還元反応) / mitochondrial intermembrane space (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / チオールオキシダーゼ / thiol oxidase activity / protein import into mitochondrial intermembrane space / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / flavin adenine dinucleotide binding / intracellular iron ion homeostasis / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, P.C. / Ma, J.D. / Jiang, Y.L. / Wang, S.J. / Hu, T.T. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structure of yeast sulfhydryl oxidase erv1 reveals electron transfer of the disulfide relay system in the mitochondrial intermembrane space 著者: Guo, P.C. / Ma, J.D. / Jiang, Y.L. / Wang, S.J. / Bao, Z.Z. / Yu, X.J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e0h.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e0h.ent.gz | 45.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12798.471 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: s288c / 遺伝子: ERV1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27882, チオールオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 7555 / Num. obs: 7532 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 10.68 / Num. unique all: 727 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OQC 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.157 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.154 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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